(一)坚持以人为本的预算执行审计风险控制原则
提高预算执行审计人员的素质，整合审计人力资源；强化预算执行审计人员的风险意识，提高其职业道德水平，是预算执行审计风险控制最关键的控制环节。预算执行风险控制的好坏取决于执行控制决策和程序以及人的素质和观念，所以控制预算执行审计风险必须坚持以人为本进行控制。
(二)用制度进行预算执行审计风险控制
预算执行审计人员是有限理性的经济人，在进行预算执行审计时难免会出现偏差或错误，只能用制度去控制预算执行审计人员的行为，才能降低预算执行审计风险。例如建立预算执行审计风险控制体系、预算执行审计风险责任追究制度和预算执行审计质量复核机制等。
