(一)进一步完善预算管理体制，夯实预算执行审计的基础工作
结合效益审计进一步细化部门预算执行中资金项目的使用情况，促进其强化效益观念，加强财政资金管理；突出各预算部门全部财政收支和财务状况的重点审计，注重围绕财政资金流向的延伸审计，及时查处和纠正各种违纪行为；建立预算执行审计的内部控制体系，确保预算执行审计范围的深度，使预算执行审计结论建立在高质量的审计基础上，有效降低审计风险。
加大对政府采购审计的力度。根据政府采购的特点和审计机关现实工作情况，有重点地开展对提出采购需求的行政事业单位的审计；对政府采购中心的审计。
促进转移支付向规范化发展。加大对转移支付的审计力度，加强财政转移支付的资金审计，促进相关法律、法规的完善。财政资金转移到那，预算执行审计就审到那，注重转移支付审计的合理性和透明度，提高审计系统对财政转移支付资金的审计能力；在对转移支付资金使用情况审计的基础上，进一步提高审计报告的质量。转移支付审计过程中数据和信息的真实准确性以及专项资金产生的经济效益和社会效益，都是规范转移支付资金达到预期使用效果的重要事项。
(二)提高预算执行审计的独立性
1.增加“上审下” 的预算执行审计力度。目前预算执行审计基本上是按照审计权限划分，实行的是对同级财政预算执行进行审计。针对审计机关目前现状，适当地在审计机构中增加垂直管理机构，扩大“上审下” 的审计面。“上审下” 的审计机构无论在人员、经费、机构都独立于被审计单位，具有较高的独立性，审计受干扰少，审计质量较高，能较好地控制预算执行审计风险。
2，以立法的形式保障预算执行审计经费。以云南省预算执行审计的情况看，预算执行审计在一定范围内实现了“一体化的”审计模式。预算执行审计方案的统一和审计人员在全省范围内统筹调度，同时也获得了预算执行审计的专项经费，这在一定程度上保障了预算执行审计经费足额到位和预算执行审计经费相对独立。但从发展的眼光看，预算执行审计经费的独立只有以立法的方式保障，才能从真正意义上实现预算执行审计的客观、公正。必须改变现有的经费来源方式，可以考虑实行中央财政预算单列垂直管理的经费保障体制。中央与地方各级财政预算执行审计机关的审计经费统-N人中央财政预算，并单独列报。取消预算执行审计经费与预算执行审计收缴款挂钩的预算管理模式，由全国人大内设的审计委员会，对全国财政预算执行审计机关的经费预算进行审核与管理。
3.实行预算执行审计人员岗位定期轮换制，提高预算执行审计人员的独立性。现在预算执行审计人员岗位没有实行定期轮换制，有的财政预算执行审计人员在一个工作岗位上一干多年甚至十多年，难免与被审计单位某些人员的关系密切起来，很可能会影响其独立性，而导致审计风险。因此，我国应该借鉴外国的相关经验，实行预算执行审计人员岗位定期轮换制。对预算执行审计报告征求意见稿的签发人和审计组组长要明确轮换期限，最好每3—5年上述人员任职岗位轮换一次，以提高预算执行审计人员的独立性，以降低预算执行审计风险。
(三)建立健全预算执行审计结果公开的制度保障
根据财政体制改革的方向、财政预算执行审计的要求，对现行的《预算法》等进行修改和补充，以更好适应经济发展的要求。以法律的形式强化预算执行审计结果公开的制度规定，明确预算执行审计风险实现时相关责任的确认和处理，把预算执行审计风险控制作为核心内容，保证预算执行审计工作质量。
1.建立预算执行审计项目公开和预算执行审计
结果公开的制度。首先，通过有关网络、媒体将下一年的预算执行审计项目公示，审计机关在收集整理各方面意见和建议的基础上，邀请关于部分单位座谈，进一步征求对预算执行审计计划和预算执行审计工作的建议。然后，根据项目的重要性和受关注的程度，有选择地将其纳入年度预算执行审计项目计划，并召开全省预算执行审计计划工作会议进行讨论和确定，下年初这些民选预算执行审计项目将与其他预算执行审计项目一起在年度预算执行审计项目计划中正式对外公告；第二，对于其他受关注程度较高的项目，将列入审计机关的预算执行审计项目库或滚动项目计划，逐年安排进行预算执行审计。第三，预算执行审计结果公开后，审计机关通过各种渠道及时收集社会公众对公告的反映，了解民意，不断调整工作思路，及时处理信息反馈结果，努力改进工作方法，树立创新意识，积极推行预算执行审计结果公开制度，使之日臻完善。
2.建立预算执行审计结果公开的风险防范机制。
第一，建立预算执行审计公开的质量控制体系，包括预算执行审计结果公开质量标准及审计结果公开质量检查、考评制度等。第二，建立预算执行审计公开风险预警机制及补救机制，对预算执行审计公开过程中可能出现的问题及时采取相应措施，以降低预算执行审计公开的风险。第三，明确各级机关预算执行审计人员在相应环节上的质量责任，实行预算执行审计结果公开责任追究制度。
(四)健全和完善预算执行审计质量控制体系
健全和完善的预算执行审计质量控制体系，是防范预算执行审计风险的保障。预算执行审计质量控制体系从以下方面着手：
1.预算执行审计工作计划控制。
预算审计工作计划控制是审计机关根据预算执行审计人员组成和规模、专业背景和水平等情况合理确定当年度预算执行审计项目的难度、数量，合理配置预算执行审计人员和时间。预算执行审计计划控制，应当先建立预算执行审计对象和预算执行审计人员的动态数据库，在充分考虑预算执行审计人员休假、培训和轮岗等多种因素下对当年度的预算执行审计项目做好详细的人员和时间安排。通过科学的预算执行审计计划安排，量力而行，合理确定预算执行审计的覆盖面，有效地防范预算执行审计风险的产生。
2.预算执行审计对象风险控制。
建立预算执行审计对象风险数据库，对预算执行审计对象的风险进行控制。预算执行审计对象风险控制的具体办法：第一， 审计机关应当对所有管辖范围内的预算执行审计对象进行分析，根据已掌握材料初步确定其风险状态；其次，在年度预算执行计划确定后，再一次审核初步风险的合理性，根据风险状态确定预算执行审计人员的组成；第三，在小组审计准备阶段根据调查情况对预算执行审计风险进行调整或确认；最后，在小组审计终结阶段应当重新对预算执行审计风险做出最后一次评估，以确认本次预算执行审计之初风险确定的合理性，将最后评估结论更新预算执行审计对象数据库的风险评价数据，对预算执行审计对象的风险进行动态反映。通过这种做法以有限防止风险评估失误而导致出具不恰当的预算执行审计结论，从而引发预算执行审计风险。
3.预算执行审计质量检查复核控制。
审计机关应成立专门机构负责预算执行审计工作的检查和复核，检查复核工作应当由独立于预算执行审计组，并且由具有专业胜任能力且责任心强的人员担任。该机构的主要任务，是对预算执行审计中的重大问题、重大审计调整事项、预算执行审计意见及处理决定等进行最后复核。复核人员应该编制关于检查复核情况及其结果的书面报告。在检查复核过程中，复核人员应当与被复核部门对复核结果进行详细讨论。同时审计机关应当建立相关机制和程序，来解决复核人员与被复核部门之间的争议。
4.预算执行审计责任追究控制。
审计机关应当成立预算执行审计责任追究机构并建立相应的制度，明确违反预算执行审计质量控制的具体行为应承担的责任以及和责任处理方式。通过责任追究将使预算执行审计人员的个人目标和审计机关的组织目标有效地联系在一起。
(五)改进预算执行审计方法和手段以控制预算执行审计风险
先进的预算执行审计技术与方法是保证审计质量的根本措施。根据预算执行审计目标和审计对象，以风险导向审计方法作为基础，用风险控制意识贯穿整个预算执行审计过程，在预算执行审计中采用账项基础审计、制度基础审计、风险导向审计方法，将这些方法结合起来综合运用，达到最终的预算执行审计目的，以降低预算执行审计风险。
