1975年，《水运工程》试刊，为内部参考资料。
1976年，经中华人民共和国交通运输部批准正式创刊，并由中华人民共和国交通运输部主管，中交水运规划设计院有限公司主办。
1981年，《水运工程》正式公开发行。
1988年，《水运工程》正式面向中国全国发行。
1991年，《水运工程》正式面向中国国内外发行。
2009年6月，经国家新闻出版总署批准，中国交通建设集团有限公司成为《水运工程》主管单位。
2010年，建立全国审稿专家库 。
2017年4月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第二批认定学术期刊 。
