水利部门流动资产审计是对水利工程管理部门流动资产使用的审核、稽查。其主要内容：(1) 是否将流动资产挪用于基本建设或专项工程支出，或将后者挪用于前者。(2) 是否严格分清用途领用材料、开支费用，有无故意将应由供水生产负担的费用挤入事业费或专项工程支出。(3) 有无缩小成本、虚增利润、多提奖金。(4) 有关帐务处理是否合规合理。
水利部门专项资金审计是对水利工程管理部门专用基金和事业费专款支出的审核、稽查。其主要内容：(1) 专用基金是否先提后用。(2) 是否挪用更新改造资金于自筹基建工程。(3) 包干结余资金是否按规定比例转为生产发展基金、职工福利基金和奖励基金。(4) 不列入财务包干的各项专用拨款是否在银行专户存储。(5) 有无混淆事业费专款支出与生产经营费用的界限。(6) 是否有将事业费专款结余转入包干结余等违法情况。
