东线工程的直接效益主要有工业供水、农业供水、除涝和航运供水等几方面，按照净增供水量和综合经济指标估算，第一、二、三期工程效益分别为97亿元、167亿元和156亿元。东线工程的实施，将促进地区经济发展和社会进步，有效扼制生态环境不断恶化的状况，改善人民生活质量，此外，东线工程疏浚和治理河道、湖泊，还将极大改善防洪、航运和生态环境条件，有着巨大的综合效益。

经分析，东线工程的国民经济和财务指标均达到或超过国家规定的标准，工程在经济上是合理的，财务上是可行的。

东线工程投资结构为45%贷款，55%资本金。按照“保本、微利、还贷”的原则，在水费偿还占工程投资20%的贷款本息、其他贷款由“南水北调基金”偿还的条件下，测算主体工程水价。第一期工程还贷期全线平均水价为0.26元/立方米，江苏省平均水价为0.17元/立方米，山东省平均水价为0.59元/立方米。通过承受能力分析，工程建成后，用水户对这样的主体工程水价可以承受。

南水北调东线输水干线总长1156公里，东线一期工程首先调水到山东半岛和鲁北地区，补充山东、江苏、安徽等输水沿线地区的城市生活、工业和环境用水，兼顾农业、航运和其它用水，有效缓解这些地区最为紧张的城市用水问题。

南水北调东线水已进入天津市，并沿途补给河北沧州部分地区用水，为华北地区地下水超采综合治理提供了补充水源。