1、工程老化
原有的农村小型水利工程年久失修，机器设备陈旧老化、效率低下．已不能适应当前农业发展需要。有些抗洪坝体基础工程是几十年前人工修建的，历经洪水侵蚀已体无完肤，虽经修缮，但治标不治本，已基本失去抗洪能力，一旦发生水灾，将造成巨大的经济损失和社会损失。有些灌区上下水管网工程老化，干渠、支渠能承载部分工作，田间斗农渠因自然脱坡、无人管护等原因几乎被填死，上下水困难，供求关系紧张，极易出现局部洪涝灾害。部分灌区的排灌站为灌排两用．机电设备和各种配套设施已使用多年，虽说能基本满足灌溉和排涝需要，但时常出现这样那样的问题．如配电盘老化、电动机磨损、泵体老旧、压力水箱渗漏、进出口闸门封不严、起动装置不灵等，影响工作的连续性。
2、管理不当
农村小型水利工程设备是否真正发挥效能，管理至关重要。有些水管单位、部门和组织重建设轻管理，使部分工程运行几年即出现疲态，浪费大量的资源和资金．这其中有制度制定方面的原因，也有管理和使用不当的原因。尤其近几年，农民个人利益至上、集体观念淡薄，只知用水、不愿管水，乱垦乱种、乱设置、乱摊占、乱截流、乱堵坝等现象屡见不鲜，导致灌区上下一片}昆乱，“跑、冒、滴、漏”现象较为严重。管理在水利工程发展过程中起核心作用。水利工程支离破碎，即使投入再增加、设备再先进，如果不加强管理，效率也会下降。
3、资金投入不足
某些农村地区的经济发展相对滞后，县、乡政府财力不足，严重影响一些好工程、好项目的落实。国家虽然划拨了专项补助，但地方财力跟不上，在其他融资渠道闭塞的情况下，资金到位困难，许多好项目无法落实。
4、专业技术人才缺乏
现在的农村水管单位虽然人员不少，但真正有学历、懂管理的却不多。例如，某农村水利管理站有员工85名，但正式员工只有5名，且学历参差不齐，具有高中以上文化的只占10％，懂技术的更是寥寥无几，通常是凭经验工作．一旦遇到新技术、新情况、新设备，往往束手无策。由于某些原因，一些单位无法开展部分技术培训，制约了技能型人才的培养及普通工作人员能力的提升．进而影响整个水管人才队伍的建设与发展。
5、小型水利工程缺规划缺布局
近年来．受市场经济运行的影响，一些水利工程项目急功近利、盲目上马，缺少宏观布局和中长期规划，且对工程项目的可行性缺乏有效评估，对工程效益的考量也较少。加之施工过程中对各环节的监管不严，导致工程建成后不是质量不合格，就是与其它领域的工程不协调，成为死工程或烂尾工程，浪费大量的人力、财力、物力。
