1997年10月6日，工程正式开工建设；1998年11月6日大江主河道截流，1999年1月27日工程浇筑第一板砼，2001年1月6日冲砂闸下闸蓄水，同月10日首台机组试运行启动并利用围堰发电；2002年6月泄洪闸工程具备挡水能力，同年6月25日船闸试航成功，同年8月15日第二台机组试运行启动发电，同年9月6日坝桥贯通，同年12月16日泄洪闸下闸蓄水，同月19日第三台机组试运行启动发电，20日工程通过竣工验收，三台机组正式启动并网发电。23日上午在会展中心举行竣工总结大会，下午在红岩子广场举行竣工庆典。工程历时5年零44天。
项目枢纽工程共完成砂卵石开挖317. 80万立方米，石方开挖21. 49万立方米，土石方回填123. 68万立方米，石方安砌3. 38万立方米，混凝土浇筑62. 35万立方米，钢筋制安9466吨，金属结构制安5602. 89吨，充填灌浆1241米，高压旋喷灌浆24615.24米，固结灌浆4150. 80米，帷幕灌浆9828. 90米，混凝土防渗墙浇筑4360. 38米。附属工程和电站库区淹没处理所采取的工程措施工程量，尚未包含其中。
整个电航工程共签订土建及安装施工、设备制造、建材采购等大小合同372份。在整个工程施工中，注重安全生产，未发生过重大安全事故、重大质量事故和重大灾害事故。工程施工管理、财务管理单位，从开工至竣工，年年被评为省、市、县先进。工程竣工，经四川省水电工程质量检测中心和省经委及省水电厅、省电力公司组织的红岩子电航工程机组启动委员会专家验收鉴定：整个工程按六个单元工程计算，质量合格率为100%，优良率为85%，位列全国同类工程前茅。2003年3月14日至2004年12月23日，四川省审计厅根据省政府的安排，对红岩子电航工程竣工决算进行审计。经审计确认，工程（含电量送出工程）总投资为7. 87亿元，比设计概算（不含送出工程）9. 05亿元，节约1. 18亿元，单位千瓦造价，大大低于国内同类项目，而且主体工程施工工期比设计工期提前6个月。审计对工程施工管理、财务管理的综合评价给予了充分肯定。不仅如此，工程施工还重视思想政治工作，做到参建人员廉洁平安。整个施工过程，指挥部及参建单位不但无一例违法违纪事件发生，而且连年被评为市、县思想政治工作及廉政建设先进集体，19人先后加入中国共产党，1人荣获省劳模称号。工程竣工总结表彰，2人荣立三等功，2人受到县委、政府通令嘉奖，168人获奖。
红岩子电航工程下闸蓄水后，回水会对南部南隆镇、火峰乡、老鸦镇、阆中洪山镇、朱镇镇、彭城镇6乡镇的26个村、132个社的部分群众生产生活造成不同程度的影响，淹没造成的这些问题，必须在下闸蓄水前处理解决。
淹没处理是一项政策性非常强的工作，国家一直高度重视，1984年，国务院以74号总理令颁布《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》 ，1986年，四川省人民政府又根据《条例》出台《关于水利水电工程水库淹没实物指标调查细则》。国务院和省人民政府的《条例》及《细则》是红岩子电航工程库区淹没处理遵循的根本原则。根据这个原则，原南充地委及地区行政公署和现南充市委及市人民政府，就红岩子电航工程的淹没问题调查处理先后多次专题研究并印发了南署函〔1993〕8号函件，南署议〔1993〕31号，南委纪〔2001〕3号纪要和南委发〔2002〕3号文件及南府议〔2002〕22号纪要。这些文件、纪要和函件为工程库区淹没调查处理规定的具体政策原则和实物补赔计算标准，是实施具体处理遵守的工作准则。淹没处理工作涉及群众切身利益，跨行政区划的淹没处理工作难度更大，任务复杂而艰巨。红岩子电航工程淹没处理正属此种情况，具体工作于1992年4月与工程可行研究工作同时展开，却远后于工程竣工而结束。
2004年底，红岩子电航工程淹没区补偿处理工作基本结束，少数遗留问题交由红电公司和县淹没处理办公室继续处理。
整个库区淹没处理，签订各类协议、合同近千份。由于工作中始终坚持公开、公正、依法依规、协商办事的原则，整个库区淹没涉及到的村、社及群众个人均表示满意。处理结果是：永久性淹没线为2年一遇洪水频率标准，房屋搬迁线为10年一遇洪水频率标准。按此标准，工程库区（南部县、阆中市）共计补赔处理土地193公顷，林木54公顷，补偿拆迁、处理房屋3. 34万平方米，补偿处理交通、水利等专项设施126处，赔付资金1亿余元。
落实电量销售市场是工程建设的又一关键问题。工程开工修建之时，指挥部确定电量上网的方式是：电站所发电量进入县电网销售为主，余电上国网。施工进入三枯，二滩电站投产发电，省内电力市场相对饱和。红电三台机组满发，年发电量在3. 50亿千瓦时左右，而当时县网销售量仅为1. 80亿千瓦时左右，且年增长幅度小且慢。如果电量上网销售仍坚持原定方式，不但可能因负荷不匹配而影响机组运行安全，而且会造成大量电量浪费，公司效益欠佳。全县老百姓是红电公司的大股东，他们支持红电建设，节衣缩食投向电站的资金，其回报会因此无法得到保障，银行贷款偿还也会因此遥遥无期。面对如此现实，工程指挥部经过反复研究认为，必须将原定自发自用余电上国网的方式改为只发不供，电量全上国网销售。工程建设领导小组经过分析，认可了指挥部的意见。电量上网方式改变，电量销售及电价争取工作随即展开。经过多方努力，省电力公司终于同意吸收销售红岩子水电厂所发电量（于2001年3月2日双方签订《并网调度协议》）；同时，国家计委也（于2001年5月，以计价格〔2001〕837号文）批准了红岩子电厂电量上网价。一个县级地方项目，主体工程尚在建设施工之中，在电量供大于求的情况下，便同步争取到电量销售市场和销售电价在全省是仅有的，全国也少见。
