预算编制完以后，各项预算目标就成为各责任中心管理人员和每一位员工的工作目标。执行过程中，必须以预算为标准进行适度的控制，即对预算的执行情况与预算的差异适时的进行分析，及时纠正企业人力、物力、财力、信息等资源在预算执行中的浪费与偏差，为预算目标的顺利实现提供可靠的保证。可见，控制机制是一种在预算执行过程中，保障目标利润顺利实现的机制。
控制的方式主要有外部控制与自我控制，控制的形式主要有松控制和紧控制。在利润预算管理模式下应推行适度灵活的控制。除坚持控制的标准外，没有预算又有必要发生的，应由执行的部门先进行分析，按程序提出申请，被批准后执行。在管理过程中通常是预算外部分严格实行外部控制，预算规定内的实行外部控制与内部控制相结合。对于一年的预算期来说，一年内某项目预算可以采取总额控制法，允许本月结余转入下月使用，但总额不能超过预算，控制过程以自我控制为主。预算项目间的挪用要坚决控制，应以外部控制为主，这样才能使预算活动有序高效地进行。
此外，利润预算控制还可以实施以下几项措施：
①推行费用不可突破法。预算目标按一定的层次、范围进行分解后，预算期内指令性费用预算如交际费等一般不能突破，如果有特殊情况需要突破的，必须按程序提出申请，由总经理批准后纳入预算外支出，确保费用项目支出得到有效控制。
②增加分厂、部门的自主权。对各预算责任部门在预算范围内的各项支出应由各责任负责人具体实施掌握，不需要逐层上报，这样既扩大了预算责任部门的权责范围，又提高了工作的效率。
③实施定期报告制度。预算执行过程中，各预算责任单位要及时检查、追踪预算执行情况，掌握、分析预算与实际的差异，对存在的问题提出改进措施，定期向预算管理部门报告，由预算管理部门汇总整理，形成综合的预算执行情况追踪报告，上报预算管理委员，为预算管理委员会对整个预算的执行情况实现动态控制提供资料依据。
预算考评机制是对企业内部各级责任部门或责任预算中心预算执行结果进行考核和评价的机制，是管理者对执行者实行的一种有效的激励和约束机制。它包含两个方面的意思：一是对整个利润预算管理系统的考评，即对企业经营业绩的评价，它是完善和优化整个系统的有效措施：另一方面是对预算执行者的考核及业绩评价，它是实现预算约束与激励作用的必要措施。在预算执行过程中，管理者对预算的执行结果进行考评，不但能及时反映整个企业的经营业绩，而且也是管理者优化整个系统、编制下期预算的可靠依据。
预算考核通常是以预算目标为标准的，由于利润预算管理系统的不确定性，一味强调预算标准可能导致本末倒置的弊病，不能以企业利益璋大化为根本考评目标，所以应根据企业情况构建科学的考评机制。
