二次征求意见稿规定，政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依照法律、法规对征收范围内未经依法登记的建筑予以认定、处理。处理后确认为违法建筑的，不予补偿。因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
违法建筑原则上不予补偿。特别是公告征收范围之后新建、扩建、改建房屋，属于被征收人投机取巧、侵占公共利益的非法行为，如果给予补偿，于法于理不合，对其他守法的被征收人不公平。但有些由于历史原因形成房屋手续不全的，应当先由有关部门进行认定、处理。
涉及到旧城区改建的，被征收人有权回迁。这在第一次征求意见稿中就予以了明确。新征求意见稿中对回迁又加以进一步明确，回迁要在改建地段或者改建地段的就近地段来补偿房屋。如果把被搬迁人迁到很远的地方去，这样做显失公平。
