市局直属机构2个，稽查局级别为副处级,直属税务分局级别为正科级。
（一）稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作。
（二）直属税务分局
福州市国家税务局直属税务分局(福建省福州高新技术产业开发区国家税务局)承担所管辖（辖区）纳税户的纳税申报核实、税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务及税款催报催缴、一般性违规违章行为处理等工作。
