2013年3月，财政部决定金太阳示范工程不再进行新增申请审批；2013年5月，“金太阳”的财政补助被要求全面进行清算，涉及全国各地百余家涉足金太阳工程的企业。按财政部《关于清算金太阳示范工程财政补助资金的通知》，没有按期完工的项目，要求“取消示范工程，收回补贴资金”；没有按期并网的项目，则会被“暂时收回补贴资金，待并网发电后再来函申请拨付”。
此轮清算涉及金太阳示范工程项目310个，财政部要求追回其中109个项目的补贴，涉及资金近百亿元。
与“金太阳”业主一起陷入被动的，还有工程承包商(EPC)和光伏组件供应商。
诸多业内人士认为，金太阳工程是政府出于良好愿望出台的产业扶植政策。出发点或是对的，但在项目审批、补贴发放和后期的监管上，频频出现问题。运行4年后，这一政策弊端尽显。改弦更张，有关部委此次清理，是想“彻底翻过这一页”。 2100433B
