1993年4月，云南省政府委托云南省水利水电勘测设计研究院进行外流域引水济昆水源选点工作，通过对14组水源方案较为全面地比选和论证，掌鸠河和清水海两组水源成为了优先开发的方案。2004年7月—11月， 云南省水利水电勘测设计研究院完成了《昆明市清水海引水工程规划报告》。12月3日，昆明市政府批复了《昆明市清水海引水工程规划报告》，并将该项目列入了“十一五计划”。2006年12月27日，昆明市人民政府昆政复〔2006〕69号文件，确定清水海引水工程项目的项目业主为昆明自来水集团有限公司。2007年1月15日，昆明自来水集团有限公司向市发改委上报《昆明市清水海引水工程项目建议书》。3月26日，云南省发改委主持召开了昆明市清水海供水及水源环境管理项目《项目建议书》评审会。《项目建议书》通过专家评审。4月6日，昆明市清水海供水及水源环境管理项目正式批准立项。4月11日，昆明市政府颁发清水海项目封库令。5月11日，云南省水利厅组织召开昆明市清水海供水及水源环境工程《水资源论证报告书》评审会议。5月18日，《昆明市清水海供水暨水源环境管理项目环境影响报告书》技术评审会召开。6月15日，云南省发展与改革委员会主持召开《昆明市清水海供水与水源环境管理项目可行性研究报告》专家评审会，经过专家的认真讨论和评议，《可研报告》顺利通过了专家评审。7月16日，云南省水利厅下发了《关于对昆明市清水海供水及水源环境管理工程水资源论证报告书的审查意见》。7月18日—19日，省市有关部门对清水海引水工程进行实地调研，强调要从贯彻落实科学发展观的高度，切实把引水济昆工程作为一项惠及子孙后代的战略性工程来抓，尽快实施清水海引水工程，争取早日供水，促进现代新昆明建设。7月23日，云南省环保局对业主上报的《昆明市清水海供水及水源环境管理项目环境影响报告书》作出批复，下发了《准予行政许可决定书》。7月25日，《土地预审意见书》获得省国土资源厅批复。8月1日，昆明市人民政府批复了《清水海供水及水源环境管理工程嵩明县寻甸县移民安置实施方案》。8月6日，省发改委以云发改投资[2007]1064号文批复了《清水海供水及水源环境管理项目引水工程可行性研究报告》。8月10日，昆明市人民政府批复了《清水海供水及水源环境管理工程建设征地补偿标准测算》 。8月20日，云南省移民开发局召开《昆明市清水海供水及水源环境管理项目引水工程建设征地和移民安置规划大纲》审查会。 9月19日—20日，省建设厅和省发改委联合主持，专家组对清水海供水及水源环境管理项目初步设计报告进行评审。《初设报告》通过了专家审查。9月21日，市政府与寻甸、嵩明两县签订《昆明市清水海供水及水源环境管理项目农村移民安置责任书》，昆明自来水集团有限公司与两县签订《昆明市清水海供水及水源环境管理项目农村移民搬迁安置协议》。9月28日，寻甸海尾村31户移民安置点开工建设。10月8日，云南省建设厅和省发改委联合批复了清水海项目《初步设计报告》。10月11日，省政府对清水海工程建设征地和移民安置规划大纲给予批复。10月12日，先期开工项目涉及的用林申请获得省林业厅的批复。10月23日，项目《资金申请报告》获国家发改委批复。10月26日，云南省国土资源厅下发《关于昆明市清水海供水及水源环境管理项目引水工程建设控制工期的部分单体工程先行用地的批复》。10月29日，清水海供水及水源环境管理项目开工建设。11月12日，受云南省移民开发局的委托，云南省移民开发技术服务中心组织召开《昆明市清水海供水及水源环境管理项目引水工程建设征地和移民安置规划》审查会。12月12日，亚行董事会批准了清水海供水项目8000万美元的贷款。2008年3月26日，国家财政部与亚行签署了《贷款协议书》，省、市政府与亚行签署了《项目协议书》。4月24日，昆明市审计局跟踪审计组正式对项目开展进点审计工作。5月16日，嵩明移民安置工程正式开工。6月25日，亚行贷款正式生效。9月9日，昆明市发改委批复了清水海供水及水源环境管理项目工程项目立项申请书，项目正式立项。12月17日，市政府召开清水海项目2009年动员推进会。2009年2月20日，省发改委组织召开净配水项目建议书专家评审会。7月13日，净配水工程项目可行性研究报告获得省发改委批复。8月18日，召开清水海工程水源地环境保护规划专家论证会。9月20日，净配水工程获得规划“一书两证”及市建设局“控制性工程初步设计批复”。10月15日，省政协视察清水海水库大坝及海当隧洞，并召开引水济昆近期重点工程座谈会。10月16日，市项目办邀请专家和寻甸县政府、嵩明县政府、盘龙区政府、昆明市发改委、昆明市环保局、云南大学（规划编制单位）等相关单位，召开《清水海引水工程（一期）水源地环境保护规划》技术评审会。该规划顺利通过专家评审。10月26日，土建工程13标大湖山隧洞顺利贯通并举行了贯通仪式，这是清水海一期项目土建工程第一条贯通的隧洞。10月27日，云南省建设厅和省发改委联合主持召开净配水工程初步设计专家评审会。初设报告顺利通过专家评审。10月28日，国土资源部批复了一期工程建设用地。11月5日，清水海水库大坝封顶。11月20日，受云南省移民开发局的委托，云南省移民开发技术服务中心再次组织召开《昆明清水海供水及水源环境管理项目引水工程建设征地和移民安置规划》审查会。《规划》获得省移民开发局批准。12月1日，净配水工程初步设计获得省住建厅和省发改委的联合批复。12月11日，净配水工程举行开工仪式。12月15日，清水海项目一期水源工程土建2标板桥河水库截流阶段通过验收。2010年5月6日，省、市领导深入调研昆明清水海引水工程，并召开了省政府清水海暨城市供水调研现场会。要求加快补水工程，全力实施治水工程，加大蓄水工程，全面实施节水工程。6月25日，云南省住建厅和省发改委联合组织召开清水海项目设计方案变更评审会。10月18日，云南省发改委组织召开新麦冲隧洞可行性研究报告专家评审会。11月10日，塌鼻子龙潭引水箱涵完工通水，标志项目第一个完工水源向清水海补水。11月12日，省发改委和省住建厅组织召开新麦冲隧洞初步设计专家评审会。2011年6月6日，金钟山水库大坝填筑封顶。8月1日，净配水工程花菁隧洞全线贯通，取得净配水工程控制性工程中的一个关键性胜利。8月12日，石桥河水库大坝封顶。8月24日，土建15标主体工程全部完工，是输水工程全线第一家主体工程全部完工的标段。8月27日，市政府分管领导调研清水海项目。9月11日，金钟山水库大坝下闸蓄水。10月9日，清水海水库大坝完成单位工程验收。10月23日—27日，省政协开展当前全省水资源情况暨抗旱保民生工作专题调研，对清水海调水及牛栏江—滇池补水工程进展情况进行视察。10月24日，视察板桥河隧洞和大平地隧洞工程。要求加强领导、攻克难关，按期完成清水海工程及牛栏江工程。11月4日，板桥河大坝封顶。12月8日，省发改委和省住建厅联合批复了项目初设概算调整申请。12月15日，新田河水库大坝封顶。12月20日，北水厂主体工程完工。12月25日，净配水工程原水1、2、3标完工。2012年1月18日，昆明市空港抗旱保供水灵源村备用水源应急工程建成，具备供水条件。1月18日，《清水海项目弃渣场、进场公路和新建水库周边植被恢复生态设计方案》通过专家评审。2月5日，省、市领导调研检查抗旱蓄水工作，实地查看了灵源村应急供水工程，要求切实把抗旱保供水作为当前头等大事抓紧抓好。3月7日—8日，市移民开发局牵头组织进行清水海引水工程征地移民安置验收的初验工作。 3月31日，净配水工程主配水工程完工。4月1日，清水海向昆明主城供水。