（一）办公室。负责机关日常运转，承担文秘、宣传、信息、政务公开、信访、会务、机要、保密、档案、安全、后勤等工作。负责人大代表建议和政协委员提案、领导重要批示件督办工作。

（二）政策法规处（执法指导处）。起草水利地方性法规、规章草案，研究拟订水利工作的综合性政策。组织指导水利行政许可工作。承担行政复议、行政应诉等有关工作。组织指导水政监察和水行政执法工作，协调跨设区市水事纠纷，组织查处重大水事违法事件。组织、指导水利法制宣传教育工作。

（三）规划计划处。拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。提出中央水利资金和省级财政性水利资金安排建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。组织实施中央和省级水利建设投资计划。承担水利统计工作。

（四）水资源管理处（省节约用水办公室）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作。组织实施取水许可制度。指导水量分配并监督实施。指导河湖生态流量水量管理。组织实施水资源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作。拟订节约用水政策，组织指导计划用水、节约用水工作。指导和推动节水型社会建设工作。承担省水资源管理和水土保持工作委员会办公室的日常工作。

（五）建设处。指导水利工程建设管理，拟订水利建设的行业技术标准、规程规范、定额并监督实施。审核重大水利建设项目初步设计。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收。组织开展水利建设市场的监督管理，指导水利建设市场信用体系建设。组织全省滩涂围垦资源的调查评价，实施滩涂围垦建设项目监管，指导滩涂治理保护和开发利用工作。

（六）运行管理处。指导水利设施管理、保护和综合利用。拟订水利工程管理与保护政策和技术标准并监督实施，组织编制水库、水闸、泵站等水利工程运行调度规程、控制运用计划，指导水库、水电站大坝、水闸、泵站、堤防等水利工程的运行管理与划界。指导水利工程管理体制改革，组织开展水利工程运行管理市场的监督管理。

（七）河湖管理处。指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂相关工作，指导河道采砂规划和计划的编制。

（八）农村水利水电与水土保持处。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导圩区防洪排涝工程、农村饮水安全工程、山塘建设管理工作。指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导农村水能资源开发和农村水电站运行管理工作。指导农村水利社会化服务体系建设。承担水土流失综合防治工作。组织编制水土保持规划并监督实施，审核有关建设项目水土保持方案并监督实施。

（九）监督处。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。承担水利行业安全生产监督管理工作，指导水库、水电站大坝、农村水电站、江堤海塘等水利工程的安全生产管理工作。组织实施水利工程项目稽察。

（十）科技处。组织编制水利科技发展规划，组织水利科学研究、技术引进、科技推广。组织拟订水利行业技术标准、规程、规范并监督实施。承办对外交流工作。指导水利信息化工作。

（十一）水旱灾害防御处。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防洪抗旱调度及应急水量调度方案并组织实施。组织提出太湖流域洪水调度建议方案。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作。组织协调防御洪水应急抢险的技术支撑工作。指导水利系统防汛物资管理。组织指导水文工作。

（十二）财务审计处。编制部门预决算并组织实施。承担财务管理、资产管理和内部审计工作。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。

（十三）人事教育处。负责机关和直属单位干部人事管理、机构编制、教育培训等工作。指导系统队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。负责离退休干部服务管理工作。

直属机关党委。负责机关和直属单位党的建设和群团工作。