绿色小水电评价是一个涉及经济、社会、自然等多方面的系统工程，通过分析小水电对自然生态状况和社会环境状况的影响，为绿色小水电认证提供依据。评价原则是评价理念的核心，绿色小水电主要强调人与自然的和谐共处，因此，绿色小水电评价指标体系的构建应该遵循可持续、系统性和务实性三项原则：
(1)可持续性。
可持续性原则指小水电开发要对本地区的可持续发展起到推动作用；
(2)系统性。
系统性原则指应将整个绿色小水电评价对象视为一个系统，运用系统思维方法处理评价过程中的问题；
(3)务实性。
务实性原则指评价应当依据系统发展的内在规律，选取关键因子，设定合适的评价标准。
考虑到我国小水电工程的特殊性及构建绿色小水电评价指标体系的三大原则，综合近年来国内外绿色水电评价的研究和实践成果，从自然生态状况和社会环境状况两个方面对中国小水电站的绿色情况进行评价，选取最能反映这两个方面的影响特征的评价指标，建立了绿色小水电指标体系，具体评价指标体系见表1。
国内外已经建立的绿色水电评价指标体系过多的关注了水电工程对河流生态系统的影响，忽略了社会环境状况也是对小水电工程绿色评价的重要组成部分，因此本文将社会环境状况与自然生态状况作为绿色小水电评价体系的一级指标。
自然生态状况指标主要包括自然状况和生态状况两个方面，对绿色小水电站的自然状况的评价主要关注水文特征、水质状况、河流连通性及河流景观四个方面。小水电工程大多采用引水式开发方式开发小型河流，水文特征的变化是河流形态和环境变化的驱动力，因此是自然状况的关键评价指标之一。河流水质侧重于评价库区水环境质量受到小水电站引起的水体自净能力变化的影响，小水电站的建设容易导致水体富营养化等现象的出现。小水电站与景观的融合程度、小水电站建设造成的土地扰动恢复情况是景观评价的主要内容，也是评价小水电站是否绿色的重要指标。生态状况的评价指标主要包括生态保护、水土流失、生物多样性和生物生境。生态保护是否良好、水土流失是否严重是绿色小水电评价的关键指标，生物多样性评价主要关注小水电站对水生、陆生生物多样性的影响以及生物多样性保护措施制定和执行情况。生物生境指标则主要衡量河流水生生物生存是否具有适宜的水流和底质条件。
社会环境状况指标由社会状况、经济状况以及管理状况三个指标构成。社会状况指标是我国绿色小水电评价区别于国外小水电评价指标的关键所在，我国人口密度较发达国家较大，征地移民、人群健康、综合利用和公共服务这些问题需要给予高度重视。移民数量和移民安置效果是征地移民的关键问题，移民的生活和生产安置得不到重视会导致新的生态破坏问题。基础设施建设、教育、就业、医疗等形式的公共服务问题能否得到改善是绿色小水电评价的一个重要环节。经济状况主要从工程财务和区域经济贡献两个方面进行衡量。工程财务主要关注小水电站的盈利能力和风险控制能力，区域经济贡献则通过小水电站的资金利税情况进行衡量。对小水电站进行科学、合理的管理是促进小水电站安全运行的关键，因此小水电站的日常管理和应急管理也是绿色小水电站评价的重要指标 。
