根据上述职责，省水利工程建设局内设办公室、政治处、项目处、工务处、财物处5个处室，另设监察室、分党组纪检组（两块牌子、一套班子合署办公）。2005年12月苏编办[2005]83号同意工务处增挂安全监督处。

（一）办公室

协助局领导管理局机关日常行政事务，负责文书、档案、信访、信息、会议、总务及治安工作。

（二）政治处

负责组织人事、劳动工资、职称、老干部、党务、群团、纪律检查和职工思想政治工作。负责机关党总支工作。

（三）项目处

参与省水利重点工程立项的前期规划、论证工作；负责承担工程项目的初步设计、概算的审核；拟定工程建设年度计划。

（四）工务处（安全监督处）

负责工程建设的施工管理；负责审核施工图及预算，负责施工计划安排、征地拆迁和施工质量、进度的监督检查工作；参与组织工程竣工验收。（安全监督处主要职责是贯彻执行国家、水利部和省政府有关水利工程建设安全监督管理的方针、政策，指导全省各级水利工程建设安全监督和安全生产管理机构工作，组织开展全省水利工程建设安全监督检查活动以及组织考核水利工程建设安全监督人员等。）

（五）财物处

负责工程建设资金的筹集、调度及基建财务管理及审计；负责在建工程材料、物资的供应、转换及管理；负责外贷资金的引用及管理。