全国水土保持生态环境监测站网由以下四级监测机构组成：一级为水利部水土保持生态环境监测中心，二级为大江大河（长江、黄河、海河、珠江、松花江及辽河、太湖等）流域水土保持生态环境监测中心站，三级为省级水土保持生态环境监测总站，四级为省级重点防治区监测分站。 省级重点防护区监测分站，根据全国及省水土保持生态环境监测规划，设立相应监测点。

全国水土保持监测中心对全国水土保持监测工作实施具体管理。负责拟定监测技术标准和规范，组织对全国性、重点地区、重大开发建设项目的水土保持监测，负责对监测仪器、设备的质量和技术认证，承担对申报水土保持监测资质单位的考核、验证工作。

大江大河流域水土保持监测中心站参与国家水土保持、管理和协调工作，负责组织和开展流域内大型工程项目和对生态环境有较大影响的开发建设项目的水土保持监测工作。

省级水土保持监测总站负责对所辖区内监测分站、监测点的管理，承担国家、省级开发建设项目水土流失及其防治的监测工作。

省（自治区、直辖市）重点防治区监测分站按国家、流域和省级水土保持监测规划和计划，对列入国家和省级水土流失防治区的水土保持动态变化进行监测，汇总和管理监测数据，编制监测报告。

应根据全国与省（自治区、直辖市）水土保持监测网络规划和监测工作需要，结合省（自治区、直辖市）重点防治区分布情况，布设相关监测点。水土保持监测点定期收集、整（汇）编和提供水土流失及其防治动态的监测资料。按照监测目的和作用，监测点分为常规监测点和临时监测点。