根据上述职责，市水务局内设6个科级职能机构：
负责会议组织、电子政务、信息综合、公文处理、文书档案管理和机要保密工作；负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理工作；负责局机关党务、群众团体、离退休人员服务、计划生育和信访工作；制定和实施机关内部管理规章制度；指导水务系统职工教育、队伍建设、精神文明建设工作；拟定水务行业的经济工作和财务工作管理措施；负责监管本局下属单位财务工作，指导本行业财务工作；负责水务系统安全生产监督与管理工作。
拟定全市水务发展规划、计划，审核、审查水务基建项目建议书、可行性报告；编制审核本部门经费预算和政府投资年度计划；按规定对水务建设资金的使用情况进行检查、监督；负责水务专项资金、水务综合统计工作。
按规定权限组织审批水务建设项目建议书、可行性报告，审批水利工程开工；统一管理、监督指导和组织实施全市水电基建项目、城市防洪工程、水库塘坝、水电站的技术改造、河海堤防综合治理的建设和竣工验收工作；指导实施水务建设市场准入制度；监督实施保护河道、水库等水域及岸线、河堤、海堤的规章制度，指导水库、江（海）堤、水电站的运行管理；组织实施水务行业、技术质量标准。
承担全市水资源统一规划、管理、开发利用和保护工作；组织建设项目的水资源论证和防洪论证工作；组织实施取水许可（地表水、地下水（包括地热水、矿泉水））、河道采砂管理，负责水资源费、水利建设基金、水土保持费、河道采砂管理费等规费征收；监测江河湖库的水量、水质；组织制定重要江河、湖泊的水功能区划，提出水域纳污能力及限制排污总量的建议；负责江河、湖泊、水库等新建、改建和扩大排污口的审查工作，协助饮用水源保护工作；指导全市水文工作和水资源信息系统建设；承担全市水土保持工作，组织指导水土流失的监测和综合治理；审批开发建设项目水土保持方案并监督实施；承办有关水行政复议、水行政处罚听证、案件受理和行政诉讼工作；组织和指导水政监察、水行政执法及水法宣传工作，协调和仲裁水事纠纷。
承担农村饮水工程、灌区工程建设项目初步设计审查、建设管理和竣工验收工作；负责拟定并组织实施全市农田水利基本建设；负责全市灌区计划用水、农业节水和节水技术推广；组织和指导全市乡镇供水和农村水利社会化服务体系建设；指导水利工程管理单位的多种经营工作；贯彻落实国家水利工程移民政策法规；参与执行水库移民安置规划和年度计划；负责水库移民人口登记与移民后期扶持资金的审核工作；协助有关部门做好库区对口支援和经济合作的组织协调工作，综合协调解决移民工作中的重大问题；会同有关部门对移民工程质量进行监督、检查；负责移民工作的宣传、信息管理、培训、统计以及信访工作。
（三亚市节水办公室）
承担城镇水务的综合管理工作；指导全市城镇供水、污水处理、中水回用、计划用水、节约用水工作；审查城镇供水与污水处理工程项目初步设计报告；指导城区供水、污水处理、中水回用设施建设、竣工验收和运营管理工作；监督指导城市污水管网的改造和管理工作；审查城镇水务企业的资质；参与城镇供水与污水处理价格定价核准工作；负责城市排污许可与污水处理费收缴的监督和管理工作。
依法受理并限量办结行政审批事项；配合市政务服务中心或其他相关部门完成有关联审、联办事项；受理有关许可政策法规、办件咨询；负责政务窗口的接待、咨询工作；完成市水务局和市政务服务中心交办的其他工作。
