东北林业大学土木工程学院的前身是东北林学院采伐运输工业系道路工程专业，于1958年首次招生。
1964年9月，经林业部批准，成立了东北林学院林区道路工程系，设有道路工程及筑路机械2个专业。
1975年3月，经林业部批准，将林区道路工程系更名为林区道路与桥梁工程系。
1984年3月，经林业部批准，将林区道路与桥梁工程系更名为土木建筑工程系。
1989年，经原林业部批准，在东北林业大学原土木系各实验室基础上成立了林业部工程质量监督管理总站检测中心。
1993年12月，道路与桥梁工程专业更名为交通土建工程专业，工业与民用建筑专业更名为建筑工程专业。
1996年8月，经林业部批准，将土木建筑工程系更名为土木工程学院。
1999年，林业部工程质量监督管理总站检测中心更名为国家林业局工程质量监督管理总站检测中心。
2000年，学院增设建筑环境与设备工程专业。
2001年，学院增设工程管理专业。
