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学院实行硕士研究生（含工程硕士）、大学本科和大学专科高等职业教育等多层次办学模式。拥有水文与水资源工程系、环境工程系、给排水科学与工程系3个专业教学系，分别承担水文与水资源工程、环境工程、给排水科学与工程3个本科专业人才培养的教学任务。拥有水文学及水资源、环境科学、环境工程、地下水科学与工程4个硕士学位授权点。“环境工程”硕士点为东华理工大学示范性硕士点。拥有《水文地球化学》、《专门水文地质学》、《水力学》、《水处理工程》4门省级精品课程。
