1、 拟定水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法律法规并监督实施。2、 统一管理水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全国和跨省（自治区、直辖市）水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布国家水资源公报；指导全国水文工作。3、 拟定节约用水政策、编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督节约用水工作。4、 按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。5、 组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和省（自治区、直辖市）间的水事纠纷。6、 拟定水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。7、 编制、审查大中型水利基建项目建议书和可行性报告；组织重大水利科学研究和技术推广；组织拟定水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施。8、 组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理和开发；办理国际河流的涉外事务；组织建设和管理具有控制性的或跨省（自治区、直辖市）的重要水利工程；组织、指导水库、水电站大坝的安全监管。9、 指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水工作。10、 组织全国水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。11、 负责水利方面的科技和外事工作；指导全国水利队伍建设。12、 承担国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，对大江大河和重要水利工程实施防汛抗旱调度。13、 承办国务院交办的其他事项。