1.承担南水北调东中线后续工程和西线工程前期工作的组织、协调和有关管理工作。协助指导大型跨流域调水工程和地方调水工程前期工作。承担南水北调工程重大设计变更有关工作。

2.承担南水北调工程建设资金筹措、征地移民、建设及运行管理、供水价格、经济社会影响和后续工程筹划、中长期发展、体制机制等重大问题的专题研究工作。

3.承担南水北调工程投资静态控制和动态管理相关工作。承担或参与南水北调工程完工竣工财务决算、财务经济后评价有关工作。

4.承担南水北调工程质量检测、质量评价工作，以及建设稽察和运行监管的事务性工作。

5.承担南水北调年度水量分配、调度计划及应急水量调度预案拟订和实施的具体工作。

6.承担南水北调工程建设及运行管理和全国跨流域调水工程相关政策法规、技术标准的研究、起草、评估等有关工作。参与南水北调水源区和受水区水资源评估、节约用水、水质保护、地下水压采和水生态修复等有关工作。

7.承担南水北调工程阶段验收、完工验收、竣工验收、档案专项验收及管理等有关工作。承担南水北调工程建设评价、科技管理和信息化管理相关工作。承担南水北调工程专家委员会的日常管理工作。组织编纂《中国南水北调工程建设年鉴》。

8.承担全国调水工程和水量调度等基本信息统计、数据整编工作，以及调水管理信息发布的相关技术工作。协助组织指导跨省重要江河及重大调水工程的水资源调度工作，承担实施情况监督检查的事务性工作。参与大型调水工程的后评估工作。

9.承办水利部交办的其他事项。