根据上述职责，市国土资源局设6个内设机构、4个派出机构。
办公室
负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、信息、宣传、会务、保密、档案、信访、财务、国有资产管理、政务公开、党建、精神文明、综合治理、统计等工作。
地质矿产科
负责编制实施全市矿产资源开发利用规划；负责采矿权招标、拍卖、挂牌出让、登记发证和转让审批工作，对地质勘查单位、矿山企业进行监督检查；负责矿产资源补偿费的征收；依法调处采矿争议；负责矿山企业的储量核定、审报和审批工作；组织协调重大地质灾害的预报和防治工作。
土地规划利用科
组织实施土地利用总体规划和年度计划；承办市、县土地利用总体规划的年度修编审定工作；组织编制专业用地规划；实施土地用途管制；组织实施国有土地使用权的招标、拍卖、挂牌、出让、转让、租赁、作价出资、交易和政府收购管理工作。
耕地保护科
负责基本农田的管理工作，组织实施基本农田特殊保护，落实基本农田“六项制度”，负责农用地转让、规划、计划的实施；办理沙坡头区建设用地的征收、划拨、出让等审核批报工作；组织实施土地开发、土地管理、土地复垦等项工作。
监察科
对本系统执法情况和违法案件的查处情况进行监督检查；对本系统干部职工违纪违规行为进行调查核实并提出处理意见；对本系统党风廉政、机关效能、政风行风、依法行政等工作进行监督检查。
测绘管理科
负责国土资源测绘管理，编制实施测绘事业发展规划；组织开展测绘基础工作，负责基础地理信息公共平台建设，推进数字中卫地理空间框架建设；对测绘单位和测绘市场进行统一监督管理，指导县（区）基础地理信息社会化服务工作。
市国土资源局派出滨河、柔远、永康、兴仁4个国土资源管理所。主要职责：宣传、贯彻国土资源管理的法律法规、方针政策；落实耕地保护目标责任制和土地用途管制工作，协助编制土地整理复垦计划，并对实施情况进行监督管理；负责农村宅基地、农民建房和临时用地的申报、组织实施及监督管理工作；负责矿产资源监督管理、地质灾害防治和地质环境保护工作；开展国土资源执法巡查和信访接待工作；承办镇（乡）政府交办的其他工作。
