上海分院设置三个工作机构：建研科技股份有限公司上海分公司、中国建筑技术集团有限公司上海管理服务中心、中国建筑科学研究院建筑设计院上海分院 ，其核心主营业务为：

软件研发领域

开展建筑业结构软件、节能软件、建设工程电子资料及档案软件、资料与信息化软件的开发、销售、维护工作，强化长三角区域客户服务体系，加强用户销售和技术服务体系。

节能和绿色建筑领域

上海分院充分发挥科研、检测、设计、工程承包的综合技术优势和平台优势,积极寻找市场突破口,开展节能和绿色建筑领域的软件开发、技术咨询以及绿色建筑技术基础研究工作,承担多项科研课题任务，主编和参编多项标准，对建筑进行能耗检测和评估，参与后期设计和施工。

工程设计、工程检测领域

突出在公共建筑，尤其是医疗建筑领域的优势，充分发挥我院在建筑技术领域的综合优势，开展业务。承担了大量建筑工程、桥梁结构的检测鉴定工作。

专项施工、工程监理领域

充分发挥在预应力、钢结构、结构加固及补强、钢筋机械连接以及装饰装修、空气净化、机电安装、工程监理等领域的传统优势，在专项技术施工领域开展业务。预应力专项工程设计、施工领域成绩显著,参与了浦东国际机场、虹桥综合交通枢纽、世博园等政府重点工程的建设。

工程总承包领域

针对房地产开发项目、并积极开拓外商投资、工业项目、政府投资项目等资金来源固定的工程项目，开展业务。

建筑工程材料及制品研究领域

建立“裂缝治理、加固、抗渗”的防治专业队伍，集中了一批国家级专家。承担上海市的专题研究项目和技术咨询、培训工作，并供应治裂、防漏加固材料。