其前身是1980年成立的水利部水利工程综合经营公司。1985年9月改为中国水利实业开发总公司，1991年12月更名为中国江河水利水电开发公司，1997年12月更名改建为中国水利投资公司，1998年11月与水利部脱钩交中央管理。2004年12月，经国资委报请国务院批准，中国水利电力对外公司并入中国水利投资公司成为其全资子企业。2006年8月，国水投资集团成立，公司更名为中国水利投资集团公司。2008年10月，经国务院国有资产监督管理委员会报请国务院批准，国水投集团并入中国长江三峡工程开发总公司成为其全资子企业。
重组后，国水投集团作为中国三峡总公司股权投资项目的实施主体，负责中国三峡总公司在风能等清洁可再生能源领域、水资源水环境领域的投资及相关领域创业投资业务，发展成为资产经营和资本经营相结合的投资控股公司。
