中华人民共和国水利部是全国水行政主管部门，其主要职责是：①贯彻执行《中华人民共和国水法》;②负责全国水资源的统一管理和保护,促进水资源的综合开发利用和节约用水，协调地区和部门之间的水事矛盾；③组织编制水利工作发展长远规划和年度计划，制订全国和跨省的水长期供求计划，组织重大水利工程建设；④负责大江、大河的综合治理开发和国家防汛抗旱工作；⑤统筹城乡水资源的供需，管理农田排灌、牧区水利、乡镇供水、中小型水电开发和水利渔业等有关事务；⑥主管全国水土保持工作；⑦主管全国水文工作；⑧对全国水利工程建设进行行业管理；⑨归口管理全国水利科学技术和水利教育发展工作；⑩对全国水利队伍建设进行行业管理。水利部内设立有关职能机构，并设立了黄河、长江、淮河、海河、松花江和辽河、珠江、太湖等流域机构，作为水利部的派出机构，分担流域水利行政工作，组织编制流域江河治理水资源开发利用的综合规划，进行专门问题的研究，编制重大工程项目的规划设计，配合地方政府进行防汛工作。对于重大的水利枢纽工程，如汉江丹江口水利枢纽、三门峡水利枢纽和引滦工程等也设立直属管理机构，负责调度运用。全国各级地方政府，均确定一个政府职能部门负责水行政主管工作（见中国地方水利机构）。按照水资源统一管理与分级、分部门管理相结合的制度，水力发电、内河航运、城市供水排水和垦荒水利的行政管理工作，分别由能源部、交通部、建设部和农业部负责。