1958年1月，铁道部将原上海铁路管理局所属上饶分局和广州铁路管理局所属南昌分局以及新建鹰厦线，合并组成南昌铁路管理局，这是第一次成立南昌铁路局，管辖线路营业里程1591.5公里。

1959年1月，福建省外福线建成，铁道部成立福州铁路局，按省界重新调整铁路局辖区，将福建省境内鹰厦线划归福州铁路局管理。南昌铁路局管辖江西省境内浙赣线、南浔线和丰城支线，

1963年4月，铁道部将南昌铁路局撤销，并入上海铁路局，成立南昌分局，管辖浙赣线鹰潭K498.7处至姚家坝K930处，以及向九线、丰城支线等，线路营业里程808.7公里。

1965年6月，铁道部将福州铁路局与上海铁路局南昌分局合并，重组为南昌铁路局，这是第二次成立南昌铁路局，下设南昌、福州分局；1966年增设上饶分局，1971年撤销上饶分局；1976年增设鹰潭分局。

1984年，铁道部为解决浙赣线运输能力紧张和车流流向问题，减少分界口矛盾，于10月1日再次撤销南昌铁路局，并入上海铁路局，成立南昌分局。

1996年8月8日，铁道部将南昌分局从上海铁路局划出，成立南昌铁路局。这是第三次成立南昌铁路局，不设分局，路局直管站段。

2004年5月9日，上海铁路局福州分局与南昌铁路局合并。新的南昌铁路局经营规模明显扩大，从一个直管站段小局发展为中等规模的铁路局。

2017年11月19日，挂牌成立中国铁路南昌局集团有限公司。