按照丰政办发（2002）23号文件规定，县环保局设6个职能科室。
（一）办公室
开展调查研究，为领导决策提出建议；负责公文的收发、文电处理、综合性会议组织、档案的管理工作；负责局机关年度工作计划、工作总结以及局机关规章制度的拟定和监督实施；负责机要、秘书、保密、保卫、安全工作；负责机关的后勤服务工作；负责机关及直属单位的人员考察、任免、调配和高校毕业生、复转军人的接收安置；负责机关公务员及直属单位行政领导的考核、奖惩工作；承办局职改领导小组日常工作；负责局机关离退休干部管理工作。负责汇编各项资金的财务月、季、半年及年终决算报表；负责环保系统的国有资产管理；负责排污费的管理和使用，并负责对局下属单位财务的会审、监督、检查；对治理资金实施跟踪审计；负责局内财务的管理和局内财务制度的监督实施。
主任：靳丽
（二）政策法规股（环境宣传教育中心）
管理各项环境保护政策的拟定工作，组织调研和拟定综合性环境保护政策，管理环境保护法规建设，拟定或组织拟定地方性环保行政法规和办法，并负责报批；负责局行政复议委员会的日常工作；受法人委托，组织行政案件诉讼、应诉工作；组织县环境保护执法检查，负责对环境违法行为的处理、处罚工作；开展环境法律知识培训；组织突出环境问题研究；组织检查国家、省市环境保护方针、政策执行情况，研究全县环保工作的新问题、新情况；起草全县环境保护目标责任制。承担县环委会日常工作。
拟定全县环境保护宣传教育规划、计划，并组织实施；组织和指导全县环境宣传教育工作；组织编写环境保护宣传教育材料和环保大事记及开展多种形式的环境宣传教育，组织“六·五”环境日等重大环境宣传教育活动；协调有关部门的环保新闻报道工作，负责简报、板报宣传栏的编写工作，组织推荐、评选表彰县环境保护先进集体、先进个人及企业环境保护评先创优工作；负责指导各级学校的环境保护渗透教育工作，编写教学参考资料，提高全社会的环境意识。
股长：王由志
（三）环境管理股
负责县大气环境、水系、工业污水排放、环境噪声、固体废物、放射性等污染源现状管理；组织推行排放污染物申报登记和许可证制度；组织实施城市烟尘控制区、噪声达标区等城市环境综合整治工作；指导清洁生产和污染防治示范工程的建设；会同有关部门实施污染集中控制和限期治理制度，负责提出县级限期治理项目名单。负责全县农村环境管理；管理小城镇及县城区环境综合整治和乡镇企业的污染防治工作；负责城市及乡镇企业的污染源调查，并拟定污染防治对策；负责县环保技术培训工作；负责拟定下达年度监测任务；参与环境规划的拟定；负责全县环境统计工作；同有关部门推行环保目标责任制。
股长：张昌连
（四）监理股（环境监理大队）
按照国家颁布的环保法律、法规对排污单位的现场进行监督检查，对违法事实实施取证并按照规定提出处理意见。负责检查污染治理设施的运转情况，检查建设项目的“三同时”执行情况，调查处理人民来信、来访以及环境污染事故和环境污染纠纷。负责征收排污费，对生态环境保护实施现场执法检查和监督。参与环境质量管理工作和污染治理项目年度计划的编制工作。负责指导乡镇环保工作，制定并检查监理工作制度、工作程序、工作台帐、报表及检查记录、排污单位的环境档案及动态档案。
股长：吴沛文
（五）科技产业股
组织编制全县环境保护科学技术发展规划和年度计划，并组织实施；组织编写全县环境保护科研计划；负责推荐省、部级、市级环境保护科研项目；组织落实本县环境保护科研项目，督促检查项目进展情况；组织省级、市级、县级科技进步奖的推荐；组织科技成果、环保实用技术和清洁生活工艺的评价、筛选和交流、推广工作；组织实施国家、省环境标准；负责环保科技信息、资料工作。管理全县环保产业，组织拟订全县环保产业发展规划、计划；拟定环保产业的有关管理政策和办法；组织监督管理环保产业市场，并提供信息咨询服务；依法组织推行“三同时”制度，实施“三同时”保证金制度；负责对限额以内的新、改、扩建项目的环境影响报告书（表）提出意见。并对环境工程的设计，施工单位资格和环保产品质量实施监督管理；负责环保技术引进和环保技术和环保产业的交流工作。
股长：秦德鹏
（六）自然保护股
归口管理小城镇环境综合整治定量考核工作，组织指导环境与经济协调发展示范镇的建设实施；协助指导本县乡镇卫生城镇的创建工作；组织制定自然保护规划计划，会同有关部门做好自然保护区环境管理工作；会同有关部门做好风景名胜区的环境保护、矿产资源环境管理、野生动植物和珍稀濒危物种保护；指导生态农业建设工作，负责农业生态环境保护工作；参与农业生态重大污染事故协调处理；参与组织推广绿色食品、无公害食品；参与流域、区域水环境保护工作，并负责乡镇饮用水源保护工作；参与对生态环境有影响的县管建设项目的“三同时”审查；参与对自然资源开展利用项目的环评审批，并具体负责对“三同时”管理执行情况进行监督、验收；会同有关部门查处自然资源违法开发事件；指导乡镇企业的环境保护创建达标工作并参与乡镇企业清洁生产审计工作；组织并指导乡镇烟尘控制区、环境噪声达标区建设进行验收，参与管理全县野生动植物保护。
股长：张昌连
