（1）重点与全面兼顾的原则

生态系统对生命的支持能力是由多方面因素构成的。前述所列各生态子系统的监测指标已经是经过初步筛选的比较重要的指标种类，由它们组合起来，可以比较全面地反映各子系统的生命支持能力。在选择重要优先指标体系时，应在3类指标和各有关指标组中都有所选择，以便兼顾指标的全面代表性。重点优先指标选择时应该注意以下3项原则：

①当前受外力影响最大、可能改变最快的指标一定要选为当前优先监测指标。例如：受经济开发影响和污染类指标、人口和经济状况指标、土地利用改变指标、主体生物和非主体生物受人类活动影响指标等都是当前较容易改变的指标类型。

②反映生态系统的生命支持能力的关键性指标一定要选为优先监测指标。例如：生境状态与面积的改变、灾害和人为破坏程度等。

③有综合性代表意义的指标应当尽可能选作优先监测指标。例如：区域工农业产量和产值、生态系统的生物量、生产率、产投比等指标，它们的数值都是由区域或生态系统的多种条件因素决定的，对生态系统的生命支持能力有较综合的代表性；同时，它们也是比较重要的生态经济指标，一般应尽可能选作优先监测指标。

（2）照顾现有监测能力与不放弃紧急监测指标的原则

我国当前生态监测工作主要限于污染生态监测，各有关部门监测系统的生态监测、评价的经验不足，现有生态监测能力有限。因此，确定当前的优先监测指标必须从现有监测经验和能力的实际情况出发，属于污染生态的指标应选为当前优先监测指标。同时，我国当前由于人口多、经济高速度发展、环境保护工作相对薄弱，经济开发对生态系统的压力大，生态系统某些指标受开发压力影响而变化很快，这些指标的监测需要在当前显得十分迫切。为了保证使人口、经济发展对生态系统的影响控制在尽可能小的范围，我国当前生态监测不能放弃这类指标。因而，要求国家和各有关部门加强对生态监测体系的支持，监测体系本身要克服困难，努力提高监测能力，把这类紧急需要监测的指标列入优先监测指标。

（3）优先监测指标逐步完善的原则

指标体系是各生态子系统应该监测的重点指标，这是从当前情况和认识能力确定的。这些指标当前由于监测能力限制，需要随监测能力发展而逐步列入例行监测。此外，未来社会经济发展影响变化和认识能力的提高，可能还会有新的、更切合那时重点需要的监测指标，需要不断补充列入优先监测指标范围；某些现在认为是优先监测指标到那时显得不十分重要，也可退出优先监测指标范围。总之，要根据实际情况和客观需要作适当调整，总的原则是逐步发展，不断调整，使生态监测紧密服务于生态系统评价和国民经济发展的需要。

（4）尽量采用可用的调查和统计资料的原则

生态监测的内容广泛，当前有许多有价值的指标已由各有关部门的例行工作完成了监测、调查、统计。例如一般农林业、水文、气象等部门都发布有关例行工作调查统计资料，各生态子系统所列生态监测指标通常有60%～70%可从已有例行凋查统计资料中获得，不需要生态监测者亲自进行监测工作。生态监测者的大部分工作在于勤于收集整理这些可用的资料，为生态监测、评价所用。在信息事业迅速发展的今天，生态监测系统应该首先强化信息工作和手段，充分利用已有的可用资料，减少工作重复、浪费，加强协作与信息共享，通过信息利用扩展生态监测、评价能力。