土木工程系是兰州理工大学创办最早的教学系之一，其办学历史可追溯到1939年甘肃省立兰州职业工业学校的土木科，1958年随甘肃工业大学的建立更名为土木系。该系已积蓄了厚实的办学底蕴，形成了鲜明的学科特色，构建起了学士、硕士、博士完整的人才培养体系。
土木工程专业下设3个专业方向——建筑工程方向、交通土建方向、岩土与地下工程方向，学生完成基础课的学习后，可根据实际情况进行选择方向。拥有一级学科硕士学位授予权（覆盖岩土工程、结构工程、防灾减灾工程及防护工程、桥梁与隧道工程等6个二级学科）和博士后科研流动站，结构工程学科具有博士学位授予权。 同时具有高等学校教师在职攻读土木工程学科硕士学位、建筑与土木工程领域工程硕士培养资格和同等学力授予硕士学位资格。同时，土木工程学科已建设成为甘肃省重点学科。
土木工程系现有教职工73人，其中教授13人，副教授19人，讲师33人；教师中有博士23人，硕士34人，省﹑部级跨世纪学术带头人6人；还有一批教师获国家一级注册结构工程师、国家一级注册岩土工程师和注册造价师的执业资格，已形成了一支较强的教学与科研相结合的师资队伍。
土木工程系在教学上始终以学科建设为龙头，以教学科研为中心；在科研上突出地域特色，以解决西北地区地域性问题为主，构筑起了土木工程结构抗震与减震控制、黄土与湿陷性黄土工程和地质灾害治理、大跨度空间结构与钢结构、结构健康诊断及检测加固等特色学科研究方向，结构减振控制、黄土及湿陷性黄土支挡结构设计、空间大跨度结构和特殊钢结构分析与设计研究等领域的研究走在了西北地区土木界的前列，有的还填补了国内空白。
实验依托土木工程学院的实验中心（甘肃省一级实验室，对外开放实验室和通过计量认证的实验室），实验中心建筑面积6000平方米，其中土木工程结构实验室拥有大型多功能实验机、模拟地震震动台等大型设备，另外还拥有反力墙和反力地板，可进行大型结构和岩土工程的动力实验。
