省环境保护厅所属事业单位共有17个，编制364个（全额拨款编制336个、自收自支编制28个），其中：财政全额拨款单位13个，编制331个；财政差额补助单位1个，编制10个（5个全额编、5个自收自支编）；自收自支的事业单位3个，编制23个。
1、黑龙江省环境监测中心站
2、黑龙江省环境保护科学研究院
3、黑龙江省环境监察总队
4、黑龙江省辐射环境监督站
5、黑龙江省环境保护宣传教育中心
6、黑龙江省危险废物管理中心
7、黑龙江省环境信息中心
8、黑龙江省环境保护对外合作中心（自收自支）
9、黑龙江省环境工程评估中心（自收自支）
10、黑龙江省环境物资供应站（自收自支）
11、黑龙江省肇源环境监测站
12、黑龙江省依兰环境监测站
13、黑龙江省同江环境监测站
14、黑龙江省虎林环境监测站
15、黑龙江省五大连池环境监测站
16、黑龙江省镜泊湖环境监测站
17、洪河国家级自然保护区管理局
