1961年，北京市委决定将北京建筑工程学院大学部并入北京工业大学，同年2月成立土木建筑工程系，设置三个专业：工业与民用建筑、给水排水、公路与城市道路。
1966年前，土木建筑工程系的三个专业共培养学生1032名。
1971年3月，首批工农兵学员（大学普通班）进入北京工业大学。土木建筑工程系包含专业有工业水处理（更新）、地下建筑（增设）、硅酸盐、工业与民用建筑、公路与城市道路等。“文革中”共培养六届559名学生。
1978年3月，“恢复高考”后的第一批学生入校。硅酸盐专业重新划归化工系，土木建筑工程系设置了暖通设备专业。1977至1979三个年级共招收学生312名。
1980年，北京工业大学本科学制改为五年，土木建筑工程系设置了交通工程、建筑与环境两个本科专业。同年，工业与民用建筑专业开始招收专科生。
1981年，原暖通设备专业改为空调技术专业并调整到热能工程系。工业与民用建筑专业于83、84、86、87四年，分别招收了干修班、体育班、师资班等本、专科学生。
1988年9月，北京工业大学设立建筑学系，土木建筑系更名为土木工程系。
1993年，学校成立了实验学院，土木工程系开始招收实验学院涉外建筑工程（本科）和现代建筑管理（专科）两个专业的学生。
1998年4月，土木工程系、建筑系、暖通空调专业和建筑勘察设计院合并成立了北京工业大学建筑工程学院。
2000年，北京工业大学获结构工程专业博士学位授予权和道路与铁道工程硕士学位授予权。
2001年，华北水利水电学院北京研究生部并入北京工业大学，学院获水工结构、水利水电工程、水力学与河流动力学三个专业的硕士学位授予权。建工学院改为按照学科部进行重新划分，给水排水工程专业转为隶属于市政工程学科部。 
