(一) 办公室
职能:负责本机关政务工作;负责公文处理、信息、建议、议案、提案和信访、档案、保密、外事、接待联络工作;负责重要文稿的起草和重要会议的组织工作,以及重要文件和会议决定事项的督查工作;负责机关及所属单位的人事工作;负责机关后勤保障和安全保卫等行政管理工作。
(二)纪检监察科
负责本机关及所属事业单位党群和纪检监察工作。
(三)综合科
职能:负责本机关国土资源管理业务的综合协调工作;按管理权限,负责受理本行政区域内国土资源管理方面的行政许可申请,核发各项行政许可证书;负责国土资源方面的科技、信息化建设管理工作,负责有关国土资源管理业务信息的统计、分析、上报工作。负责编制、修订本区及乡(镇)土地利用总体规划,组织编制矿产资源开发、利用和保护规划,组织编制基本农田保护、土地开发(整理、复垦)等专项规划。
(四)地籍科
职能:负责本行政区域内地籍管理工作,组织土地调查、土地登记、土地统计、土地动态监测、地籍档案管理等工作;负责土地权属管理工作,依法调处土地权属纠纷。
(五)耕保征地科
职能:按照管理权限,负责实施本行政区域内土地用途管制,编制基本农田保护、土地开发(整理、复垦)等专项规划,负责耕地保护、集体土地管理方面的行政许可事项的审查工作,负责审查征地补偿安置方案,组织一书四方案的组件上报工作;组织落实土地开发(整理、复垦)专项规划和占用耕地建设项目的占补平衡措施;负责农业结构调整用地的管理。
(六)土地利用科(地质矿产科)
土地利用科职能:按照管理权限,负责本行政区域内国有土地管理、建设用地管理等方面的行政许可事项的审查工作,组织实施北京市土地出让计划、收购储备计划、土地一级开发计划中涉及本区的计划;负责经济适用住房、房改房上市土地出让金的核定、收缴工作;负责本级土地市场的监督管理。
地质矿产科职能:按照管理权限,负责本行政区域内矿产资源的监督管理,组织矿产资源储量评审、备案、登记、统计等工作,负责矿产资源有关费用征收、使用的管理;负责地质勘查活动、地质灾害防治、矿山地质环境恢复等方面的监督管理;承担市国土局交办的地热资源调查、评估工作;负责地下水环境监测站、网的管理。
(七)财务科
职能:负责本机关及所属单位财务和固定资产管理工作,健全财务会计管理制度;负责日常会计核算、行政事业性收费项目、资源性收费项目的管理工作。
(八)执法监察科
职能:按照管理权限,负责本行政区域内国土资源方面的执法监督工作,依法查处有关违法案件,受理有关投诉和举报;负责国土资源管理法律、法规宣传工作;协助市国土局负责行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉代理工作。