2016年，环科院新承担国家级、省部级及其他科研项目41项，合同额2326万元；新承接污染控制工程设计、污染场地风险评估、清洁生产审核等技术服务类项目221项，合同额1.16亿元。
环科院承担了《北京市“十三五”时期环境保护和生态建设规划》、《北京市环境总体规划》、《大气污染物综合排放标准》、《有机化学品制造业大气污染物排放标准》、《北京大气氨排放特征及控制对策研究》等项目。
环科院还承担了《典型行业面源VOCs治理控制技术及排放标准研究》（国家重点研发计划）、《城市扬尘时空过程与控制研究》（国家重点研发计划）、《淡水生态环境损害物化溯源技术研究》（国家重点研发计划）、《好氧发酵过程氨的排放异位控制技术研究》（国家重点研发计划）和《小五台山优势针叶树种径向生长对气候变化的响应》（国家自然科学基金）等国家级科研项目。
环科院新承接工程设计、承包及科研项目50余项，建立了多项城市污水、工业废水治理示范工程，包括宁波大榭开发区污水处理厂提标改造工程、北京市怀柔区肉类联合加工厂污水处理改造工程、北京呀咪呀咪食品加工废水处理工程、北京市地下饮用水第八水厂准保护区污染治理工程、北京水泥厂污水站增容改造工程等设计、承包、设备成套采购集成及相关服务等。
环科院承接场地评价与土壤修复、规划及清洁生产项目80余项，包括天津港瑞海公司“8.12”爆炸事故现场场地污染调查评估及修复技术支持、“北京环球主题公园”场地环境详细调查、重钢片区焦化厂地块原址土壤环境风险评估、新首钢高端产业综合服务区（石景山主厂区）北区场地环境调查与风险评价、北京奔驰汽车有限公司清洁生产审核等项目 。
据2018年12月官网资料显示，环科院累计完成环境影响评价3700余项，各类环境科学与环境技术方面的研究项目1100余项，在全国近30个省（市）自治区完成治理工程1600余项。共获国家级各种科技奖励20余项，获省（部）级科技奖励160余项，取得国家重点环境保护实用技术与专利110余项，并且多次在北京市科研院所“改革与发展”考评中获得一、二等奖励。
2016年，环科院有60余项科研成果通过鉴定或结项，获得环境保护科学技术奖二等奖1项，三等奖1项，中国分析测试协会科学技术奖1项；获得专利授权9项；出版著作2部；发表学术论文57篇，其中SCI收录5篇，EI收录5篇；完成政府部门标准、规范、管理制度等文件征求意见70项。
《扬尘颗粒物分析测试技术研究及应用》荣获2016年度中国分析测试协会科学技术奖三等奖； 《石油污染土壤强化生物修复技术及油田应用示范》荣获2016年度环境保护科学技术奖二等奖； 《火葬场大气污染管控关键技术研究与工程应用》荣获2016年度环境保护科学技术奖三等奖 。
