学院实行党委领导下的院长负责制。教学及教学管理部门有研究生部、函授部、干部培训部和党校办公室及工程系、经济系、基础部，行政管理机构有学院办公室、教学科研处、总务处、财务处、基建处等。有关部(处)又设教研室、计算中心、图书馆等科室。此外，中国水利教育协会秘书处及《水利高等教育》编辑部也设在学院。

学院拥有一支学术水平较高、教学经验丰富的师资队伍。现有教职工176人，其中教学人员52人。专职教师中具有正高职称的占9.6%，副高占32.7%，中级占50%；此外，还从领导机关、科研院所、工程设计建设单位和兄弟院校聘请一大批兼职教师。还有一批近年来陆续退休的富有教学和科研经验的老教师(其中教授17名)仍在发挥着重要作用。教师中担任国际和全国性学会、研究会及专业委员会正副理事长或正副主任的有6人，担任顾问、委员、专家组成员的有14人。

学院位于北京市西郊花园村，与首都体育馆、北京图书馆和中国剧院为邻。现有土地面积66亩，建筑面积3万 m2。新建的培训楼中有高标准带空调设备的客房45间90个床位和各种规格的会议室、学术报告厅。学生公寓中除有上百间普通宿舍及大小教室外，还有标准客房54间108个床位。学院建有现代化的计算机中心及多媒体语音教室。图书馆藏书10万册，其中外文图书2万余册。校刊为公开刊物《北京水利水电管理干部学院学报》，此外还有反映学院动态的《管院信息》和反映水利部党校学员学习生活情况的《党校园地》。