目前水利学院拥有水利水电工程、农业水利工程、工程管理、水文与水资源工程、港口航道与海岸工程专业、工程造价等六个本科专业，其中水利水电工程专业、农业水利工程专业为国家级特色专业，水利水电工程专业为国家卓越计划专业；工程管理专业为省级优势特色专业，2012年通过住建部工程管理专业评估；水文与水资源工程、港口航道与海岸工程专业为河南省卓越计划专业；学院设有水工结构、水力学及河流动力学、水文学及水资源、农业水土工程、港口海岸及近海工程、管理科学与工程等6个学术硕士点；其中水工结构、水力学及河流动力学、水文学及水资源为省级重点学科。水利学院每个专业都有一个以上省级重点学科或院级重点学科所支撑，每个专业都有一个硕士点为依托，教学条件和实验条件完备。

学院设有水利实验中心和水力学实验室，其中水力学实验室为专业基础实验室，水利实验中心下设水利馆、农业高效用水节水试验场、农业节水工程技术研究中心、水利水电工程实验室（又称水工结构实验室）、农田水利实验室、水文预警与灾害防治实验室、港口航道与海岸工程实验室、河流环境与河流工程模拟实验室、水利水运及治河实验室、工程项目建设仿真与管理实验室，其中水工结构实验室为水利部重点实验室，节水农业试验中心为省级重点实验室，农业节水工程技术研究中心和河流环境与河流工程模拟实验室为省级重点学科开放实验室，水利水运及治河实验室为省级重点实验室培育基地。

水利学院设有五个教研室，即：水工结构教研室、农业水利教研室、水力学教研室、水文水资源教研室和工程管理教研室，每个教研室建设一个本科专业，建设一个硕士点，使学科建设、课题组建设、课程组建设合为一体，教学、科研相互促进。

另外，华北水利水电学院监理中心、岩土工程与水工结构研究所、钢结构与工程研究所与水利学院渊源相连、资源互补、相互促进、共同发展。