水利学院历史悠久，系史可追溯到1951年9月成立的北京水利学校时期。当时没有系别建制，仅招收了水工建筑专业两个班。

1958年北京水利水电学院建院初期设立了水利工程建筑系(简称水工系)，内设河川枢纽及水电站建筑专业以及水文地质与工程地质专业。本科4年制，当时，北京水利水电学院共设有水利工程建筑、水利机械2个系，下设6个专业。

1959年，除地质专业外，其他专业学制都改为5年制。

随着水利事业的发展，1960年又增设了农田水利工程专业，各专业全部改为5年制。

1963年，哈尔滨建筑工程学院河川枢纽及水电站建筑专业合并到我院。

1965年开始培养研究生。

1974年底水工系一分为二成为水工、农水两个系，1977年增设了水工建筑力学专业，1978年又增设了电厂厂房建筑专业。

1981年学校获得国家首批硕士学位授予权，水工结构、水力学及河流动力学成为国家首批硕士点。

1983年，四易系名，原农水系的农水专业合并于水工系，成立了水利系，设有水利水电工程与农田水利工程两个专业，教职工140人，下设水工结构、工程测量、水力馆等12个教研室、试验室。

1984年水利系增设了工业与民用建筑专业。

1988年水利系部分教工连同部分教研室、实验室组成了土木工程系。

1990年以水利系教师的基本力量组建了华北水利水电学院科学研究所。

1992年水利系又分出部分教职工成立了监理中心。当年，水利系主要师资力量由邯郸分部迁至郑州本部，工作重点相应移向郑州。1993年水电科学研究所重新归入水利系 。

1997年4月，“水力学及河流动力学”、“水工结构工程”被评为河南省重点学科;“结构材料实验室”被评为省重点实验室。

1997年7月，水力学及河流动力学、水力发电工程、水文地质与工程地质、水工结构工程4个硕士点全部通过国家教委评估。

1998年7月，经国家学位委员会批准，学院又新增“水文学与水资源”学科硕士点。

2000年10月，水工结构工程、水力学及河流动力学被评为河南省省级重点学科。

2000年12月，获准增设“农业水土工程”学科为硕士点。

2005年获批水利工程一级硕士点。

2009年水利工程成为博士点立项建设学科。

2009年10月，水利水电工程专业顺利获批为国家级特色专业。

2010年7月，农业水利工程获批为国家级特色专业。同年，工程管理获批省级特色专业。

2010年获批农业工程、管理科学与工程（水利学院、管理与经济学院联办）一级硕士点。

2012年，水文与水资源工程获批为省级特色专业。水利水电工程成为国家级卓越工程师教育培养计划。水文与水资源工程、港口航道与海岸工程成为省级工程教育人才培养模式改革试点专业。工程管理专业通过住房与建设部工程管理专业评估 。

2013年水利工程一级博士点通过验收。