华北水利水电学院自1965年开始招收培养研究生，学校曾三次搬迁，四易校址，1978年在原北京校址成立了研究生部，由华北水利水电学院和北京水利水电科学研究院双重领导。2001年，华北水利水电学院北京研究生部主体并入北京工业大学，同年成立华北水利水电学院研究生处。 是国务院首批确定的具有硕士学位授予权的高校和国家首批具有推荐并接受应届本科毕业生免试攻读硕士研究生资格的高校。

新中国成立初期，为了满足国家对水利建设人才的需求，在政务院（国务院）的直接关怀下，由当时的水利部部长傅作义于1951年主持创建了学校的前身--水利部北京水利学校。

1958年，北京水力发电函授学院、北京水力发电学校并入，成立北京水利水电学院，隶属水利部管理。

1960-1978年19年中，著名水利专家、中国科学院首届学部委员汪胡桢先生担任学校校长。

1965年，学校开始招收培养研究生。

1969年，学校迁至河北省，先后在岳城水库和邯郸市办学。

1977年，经国务院批准，在北京西郊花园村原北京水利水电学院旧址成立华北水利水电学院北京研究生部，由华北水利水电学院和北京水利水电科学研究院双重领导 。

1978年更名为华北水利水电学院，并在原北京校址成立了研究生部。

1979年2月，经国务院批准，华北水利水电学院北京研究生部招生，并于9月开学。

1981年11月，国务院批准华北水利水电学院为首批硕士学位授予权单位。

1983年12月，根据水利电力部指示，华北水利水电学院北京研究生部划归北京水利电力经济管理学院领导，对外仍称华北水利水电学院北京研究生部。

1983年华北水利水电学院北京研究生部、北京水利电力函授学院、水利电力部干部进修学院、北京水利水电学校、水电部电力科学研究院动能经济研究所，并抽调华北电力学院部分人员合并组建北京水利电力经济管理学院。

1990年学校迁至河南省郑州市办学。

1992年北京水利电力经济管理学院参与合并组建北京动力经济学院。北京水利电力经济管理学院搬出后，原华北水利水电学院北京研究生部、北京水利水电学校、动能经济研究所三个组成单位分别脱离学院的体系。

1992年5月经水利部批准，在华北水利水电学院北京研究生部、北京水利电力函授学院和中共水利部直属机关党校的基础上成立北京水利水电管理干部学院。

2000年10月，教育部批准学校硕士研究生单独考试权资格。学校成为河南省惟一一所、全国159所之一的具有该项资格的高校。

2000年，实行水利部与河南省共建、以河南省管理为主的管理体制。

2001年， 华北水利水电学院北京研究生部和北京水利电力函授学院、国家建材局管理干部学院（武汉工业大学北京研究生部）并入北京工业大学，成立北京工业大学高等职业教育学院、北京工业大学分部（现北京工业大学继续教育学院），均为学校的异地办学机构。

2001年6月15日，学校宣布成立华北水利水电学院研究生处 。

2009年，水利部与河南省签署共建华北水利水电学院协议，成为河南省第三所省部共建院校。

2009年11月，华北水利水电学院成为博士点立项单位 。

2013年1月，学校八个一级学科获高等学校副教授评审权。

2013年4月18日，华北水利水电学院更名为华北水利水电大学。

2013年7月，经国务院学位委员会第三十次会议审批通过，华北水利水电大学获批新增为博士学位授予单位。