水利系历史悠久，系史可追溯到1951年9月成立的北京水利学校时期。当时没有系别建制，仅招收了水工建筑专业两个班。

1958年北京水利水电学院建院初期设立了水利工程建筑系(简称水工系)，内设河川枢纽及水电站建筑专业以及水文地质与工程地质专业。

随着水利事业的发展，1960年又增设了农田水利工程专业。

1974年底水工系一分为二成为水工、农水两个系，1977年增设了水工建筑力学专业，1978年又增设了电厂厂房建筑专业。

1983年，四易系名，原农水系的农水专业合并于水工系，成立了水利系，设有水利水电工程与农田水利工程两个专业，教职工140人，下设水工结构、工程测量、水力馆等12个教研室、试验室。

1984年水利系增设了工业与民用建筑专业。

1988年水利系部分教工连同部分教研室、实验室组成了土木工程系。1990年以水利系教师的基本力量组建了华北水利水电学院科学研究所。1992年水利系又分出部分教职工成立了监理中心。当年，水利系主要师资力量由邯郸分部迁至郑州本部，工作重点相应移向郑州。1993年水电科学研究所重新归入水利系。