根据《南水北调工程建设管理的若干意见》的规定，南水北调工程建设管理的建管体制和主体工程的建设管理模式为：

建设体制

（一）国务院南水北调工程建设委员会是南水北调工程建设的高层次决策机构，其任务是决定南水北调工程建设的重大方针、政策、措施和其他重大问题。

（二）国务院南水北调工程建设委员会办公室（以下简称南水北调办）是国务院南水北调工程建设委员会的办事机构，其主要职能为：研究提出南水北调工程建设的有关政策和管理办法，起草有关法律法规草案；协调南水北调工程建设的有关重大问题；负责南水北调主体工程建设的行政管理；负责主体工程投资总量的监控和年度投资计划的实施；协调、落实和监督主体工程建设资金的筹措、管理和使用；协调、指导和监督、检查南水北调工程建设工作，负责主体工程建设质量监督管理；负责南水北调主体工程的监督检查和经常性稽察等工作；具体承办南水北调主体工程阶段性验收、单项（单位）工程验收的组织协调工作及竣工验收的准备工作。

（三）南水北调工程沿线有关省、自治区、直辖市的南水北调工程建设领导机构及其办事机构的主要任务为：贯彻落实国家有关南水北调工程建设的法律、法规、政策、措施和决定；负责组织或协调征地拆迁、移民安置；参与协调省、自治区、直辖市有关部门实施节水治污及生态环境保护工作，检查监督治污工程建设；负责南水北调地方配套工程建设的组织协调，提出配套工程建设管理办法。

（四）南水北调工程项目法人是工程建设和运营的责任主体。在建设期间，主体工程的项目法人对主体工程的质量、安全、进度、筹资和资金使用负总责。其主要任务为：依据国家有关南水北调工程建设的法律、法规、政策、措施和决定，负责组织编制单项工程初步设计，负责落实主体工程建设计划和资金，对主体工程质量、安全、进度和资金等进行管理，为工程建成后的运行管理提供条件，协调工程建设的外部关系。

（五）承担南水北调工程项目管理、勘测(包括勘察和测绘)设计、监理、施工等建设业务的单位，应按照国家有关法律法规，通过招标方式择优选用，实行合同管理。

主体工程模式

南水北调主体工程建设采用项目法人直接管理、代建制、委托制相结合的管理模式。实行代建制和委托制的，项目法人委托项目管理单位，对一个或若干单项工程的建设进行全过程或若干阶段的专业化管理。项目管理单位在单项工程建设管理中的职责范围、工作内容、权限等，由项目法人与项目管理单位在合同中约定。