根据上述职责，区水务局设6个内设机构：

（一）办公室

负责协助局领导对有关工作进行综合协调和督办检查；负责机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、保卫工作；负责办公自动化工作；负责机关财务管理工作；负责基层财务监管、审计工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作。

（二）规划计划科

负责拟订全区水务、水产事业发展规划、年度计划和水长期供求计划及渔业资源保护规划并组织实施；负责重点水利水电建设项目建议书的立项审查及可行性研究报告、初步设计的报批工作；负责组织有关部门对国民经济总体规划、中长期规划及重大建设项目中各涉水方面进行论证；负责全区水务水产综合统计工作；负责全区水务系统科技进步及新技术的推广应用、交流工作和水产重大科研课题的技术攻关和科研成果的推广开发。

（三）水务管理科

负责协助局领导对基层企事业单位有关工作进行综合协调和监督检查；负责水务工程建设与管理工作；负责水务工程档案管理工作；负责水务工程项目招投标工作；负责建成后的水务工程管理保护范围的划定；组织指导水务工程的运行管理、经营管理；拟订国有水资产的经营政策和办法；负责农田灌溉、乡镇供水、农村饮水等行政管理和指导；负责组织水务工程续修配套建设、保护、管理和工程竣工验收后的交接手续；负责农村水务服务体系建设和小型水务工程管理体制改革；参与水务工程项目管理方案、价格方案的拟订、审定；承担局直管单位年度经营任务指标的管理考核；

依据国家和省市有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审核和办复工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件发放管理工作。

（四）行政执法科（挂水政监察执法大队牌子）

负责宣传执行水务水产相关法律、法规；负责拟订水务水产法制建设规划；组织、协调水务水产法规性文件的起草工作；负责水政、渔政监察和水务水产行政执法、行政复议、行政应诉工作；负责管理指导水务水产执法队伍建设，调解、仲裁区域内水事、渔业纠纷，查处渔业水域污染事故和涉水违法违规案件；负责渔船检验、渔港监督管理和渔业环境保护工作。

（五）信息资源科

贯彻执行上级有关信息化工作的方针、政策和法律、法规，组织编制水务水产信息化规划；制定技术规范和标准并组织实施；负责水务水产信息化的建设管理和信息资源开发、技术应用及信息安全工作；负责本系统办公自动化和信息资源共享工作；负责防汛抗旱信息的汇总分析及发布工作；负责区水务和防汛服务信息网络建设及维护工作。

（六）人力资源管理科（挂党群办牌子）

负责局机关及所属单位的人事、劳资、机构编制、奖惩、专业技术职务评聘等管理工作；负责本系统干部职工的档案管理工作；负责养老保险、医疗保险工作；负责局机关和所属单位目标考评工作；负责本系统专业技术管理人员培训和继续教育工作；协助局领导做好重大应急事件专业技术人员的调度指挥工作；负责党群、纪检监察和老干部工作。