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学院下设“城市与土木工程防灾减灾研究中心”、“桥梁与结构工程研究中心”、“结构与岩土工程研究中心”、“环境科学与工程研究中心”等4个研究中心以及“城市与土木工程防灾减灾深圳市重点实验室”和“水资源利用与环境污染控制深圳市重点实验室”(我院与深圳航天科技创新研究院联合共建)。