机电工程学院由中国人民解放军军事工程学院海军工程系“舰炮”专业发展而来。自1953年“哈军工”建校以来，学院多年来一直围绕舰炮、水下作业与技术、水下智能控制技术、船舶机械技术和装备、服务机器人等进行研究工作，为我国海军装备、援潜救生、海洋工程装备的现代化建设提供了重要的技术支撑和人才保障。

自1983年“机械设计及理论”学科获硕士学位授予权，2000年“机械设计及理论”学科获博士学位授予权，2005年设立博士后科研流动站，2006年获“机械工程”一级学科博士学位授予权。目前学院具有“机械工程”博士后科研流动站；“机械工程”一级博士授权点，“机械设计及理论”、“机械电子工程”、“机械制造及其自动化”、“车辆工程”4个二级博士授权点；“机械工程”、“设计学”等两个一级硕士授权点；同时，学院还拥有“机械工程”、“工业设计工程”工程硕士领域授权点。其中，2016年“机械工程”一级学科被评为“十三五”国家国防特色学科、1996年“机械设计及理论”被评为中国船舶总公司部级重点学科，2006年“机械工程”被评为黑龙江省首批重点一级学科。学院设有“机械设计制造及其自动化”、“工业设计”、“机械设计制造及其自动化（4 0）”三个本科专业，其中“机械设计制造及其自动化”为黑龙江省重点本科专业，“工业设计”为工信部及黑龙江省重点本科专业。

学院下设水下作业技术与装备、船舶机械、智能制造与机器人技术三个研究所和机械基础、工业设计两个教学系。学院具有1个国家级实验教学示范中心、1个工信部重点实验室、1个黑龙江省重点实验室及1个黑龙江省工程技术研究中心。