根据上述职责，县水务局设置4个内设机构：

（一）办公室（加挂“计财股”牌子）。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，对各科室进行综合协调；对重要工作的督办和检查；负责机关内部规章制度建设；承担信息、保密、信访、政务公开、宣传报道、新闻发布、保卫、办公自动化、文明卫生、后勤接待、信访接待等工作；负责局里水电管理及费用征收；负责组织办理县人大代表及政协委员的建议、提案工作；协助做好防汛抗旱工作。负责组织全县水务项目和资金计划的编制、报批和审查工作；协助做好水务规费的征管、安排使用工作；负责机关财务和统计工作，指导水务行业的财务、统计工作；会同有关部门对全县水务计划执行情况及资金进行监督管理；对水务系统的国有资产进行监督管理。

（二）政工股。指导全县水务系统精神文明建设与职工队伍建设；负责组织拟订人才规划；指导水务系统劳动保护、安全生产；负责水务系统的机构编制、组织人事、劳动工资、保险福利工作，负责机关干部教育培训、考核管理，协助有关部门组织专业技术干部职称评聘和工人技术等级考核及全县水务行业职业技能鉴定工作；协助做好党建与政治思想工作；负责局系统离退休人员工作。

（三）行政审批股（加挂“水政水资源股”牌子）。主要负责统一受理、办理行政许可、非行政许可审批、办事服务及相关行政事业性收费等事项；负责水政水资源管理工作。

（四）水利建设管理股。贯彻实施全县水务建设、管理的政策法规、规程规范、技术标准和概（估）算、定额标准，并拟订有关实施细则；指导全县水务工程的安全监管；组织并指导全县水务工程建设；组织重点水务工程项目初步设计报告的初审和报建；负责全县水务建设、设计、施工、监理等单位的行业管理；管理全县水务建设市场、监督指导市场准入、工程招标、建设监理和工程质量监督，组织工程建设项目的执法监督；指导全县农田水利基本建设；指导全县水务改革，指导全县基层水务管理单位建设与水利社会服务体系建设；负责农村供水、节水灌溉及农村饮水工程建设的管理与指导工作；指导水务行业的水电工作。机关党组织、群团组织，纪检（监察）机构按有关规定设置。