(一)土地使用权抵押权与工程价款优先权的冲突

因工程价款中含有劳务人员的劳务报酬，事关劳动者的基本生存权，依最高人民法院的司法解释规定，建筑工程承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权，在建筑物或其所附着的土地使用权上设定的抵押权实现时，必须先拨付施工承包人的工程价款。应注意的是，由于我国立法中房随地走的原则，此时因建筑物与其土地使用权属一并折价、拍卖，所得中不仅包含劳动力报酬和材料费用，还包括了土地费用和利润，而对后者施工承包人并不享有优先受偿权。因此，在相关案件裁判寸，应严格界定并准确区分折价、拍卖所得中各项费用的构成。

(二)土地使用权抵押权与抵押人转让权的冲突

最高人民法院《关于贯彻执行(中华人民共和国民法通则)若干问题的意见(试行)》第115条规定，抵押物如由抵押人自己占有并负责保管，在抵押期间，非经债权人同意，抵押人将同一抵押物转让他人，或就抵押物价值已设置抵押部分再作抵押的，其行为无效。相应的，银行制定的借款格式合同中也限制了土地使用权抵押人在抵押期间向外转让土地使用权的处分权。但必须看到，该解释是制定于计划经济时期，侧重于保护国有企业债权人的利益，而在一定程度上忽视了抵押人的利益和促进流通的因素。1995年制定的《担保法》)第49条则变更了这一司法宗旨，肯定了抵押人在履行通知和告知程序以及提供担保等义务的条件下，可依法转让抵押物包括设定抵押的土地使用权。而鉴于抵押权应有的排他性和追及性，最高人民法院在噻关于适用(中华人民共和国担保法)若干问题的解释》第67条中进一步认定了“抵押权存续期间，抵押人转让抵押物未通知抵押权人或者未告知受让人的，如果抵押物已经登记的，抵押权人仍可以行使抵押权；取得抵押物所有权的受让人，可以代替债务人清偿其全部债务，使抵押权消灭。受让人清偿债务后可以向抵押人追偿。如果抵押物未经登记的，抵押权不得对抗受让人，因此给抵押权人造成损失的，由抵押人承担赔偿责任。”从而明确了土地使用权抵押和转让的权利冲突解决原则。

(三)土地使用权抵押权与土地上新建房屋买受人所有权的冲突

《担保法》第55条第l款规定，城市房地产抵押合同签订后，土地上新增的房屋不属于抵押物。需要拍卖该抵押的房地产时，可以依法将该土地上新增的房屋与抵押物一同拍卖，但对拍卖新增房屋所得，抵押权人无权优先受偿。从而在实践中造成抵押权人和新建房屋买受人的权利冲突：新建房屋买受人对其所买受房屋的土地使用权因该土地使用权抵押权人的权利实现行为而必将宣告落空；而若无人肯受让地上房屋属于他人的土地使用权，该土地使用权的抵押权人的权利又必将无从得以实现。这在司法实践中已经产生相当多的争议与纠纷。对此，最高人民法院、国土资源部、建设部在2004年2月10日联合发出的《关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》中专款规定：“在变价处理土地使用权、房屋时，土地使用权、房屋所有权同时转移；土地使用权与房屋所有权归属不一致的，受让人继受原权利人的合法权利。”在一定程度上提供了上述争执问题的解决方案。

(四)同一土地使用权上多项抵押权之间的冲突

除去在已设定抵押的土地使用权的剩余价值范围内再次设定抵押权这一不易引发争议的方式外，在同一土地使用权的同一价值范围内设定多次抵押时，抵押权人的权利如何得以实现成为各方当事人的争执焦点。这一问题在已设定使用权抵押的土地上构建商品房，而买受人又以所购房产(涵盖所附着的土地使用权)设定抵押向银行贷款时表现得尤为突山。对此类重复抵押，在先抵押人一般出于自身债权安全考虑而子以阻止，新债权人也往往不予接受。事实上，《担保法》第54条及最高人民法院《关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》第78条中，已对该问题作了较圆满规定。