当利用河段的地质条件不利时，对地质复杂或有重大地质问题的坝址，只要查清地质条件，通过工程处理也可建坝。峡谷、丘陵区坝址常见的重大地质问题有：①缓倾角软弱夹层。它降低坝基和拱座的抗滑能力，可能引起坝的失稳。②大的断裂构造带。它可能构成坝基及岸坡的滑动边界，引起坝基和拱座的沉陷或压缩变形，产生渗漏及渗透变形等。③岸坡崩塌体、大的卸荷裂隙带、滑坡体等，可能造成岸坡失稳，近坝库岸滑坡可能引起水库涌浪。④河床深覆盖层及古河道，可能引起坝基渗漏和渗透变形、沉陷、抗震稳定性差等问题。⑤喀斯特洞穴，引起库、坝区的严重漏水等。
平原区坝址常存在的问题有：黄土、软土、粉细砂等不良土层问题和古河道、牛轭湖、决口口门、沙丘等不良水文地质构造问题，可能引起坝基及两岸的沉陷、滑动、渗透变形、抗震稳定性差等问题。
此外，坝址处于强地震区也是坝址的重大地质问题 。
