根据上述职责，行署水务局设4个内设机构：

（一）办公室

负责机关公文处理、信息、宣传、机要、档案、信访、保密、人事劳资、机构编制、计划生育等工作；负责协调处理机关日常政务、联络接待、安全保卫等行政事务；负责承办局党组日常工作；负责机关财务、审计工作。

（二）规划建设科

负责全区水利规划统一管理工作, 拟定全区水利发展战略规划；编制流域和区域的水利综合规划，归口管理水利专业规划和专项规划的编制和审批；负责第二、三类水利水电建设项目建议书的立项审查及可行性研究报告、初步设计的初审工作；负责全区水利基本建设和综合统计；指导全区水利工程建设管理工作，对全区水利基本建设进行行业管理；负责审批水利工程开工报告、组织小型水库蓄水安全鉴定和水利工程验收；开展水利科技和外事工作；组织开展水利行业质量监督工作，监督全区水利行业技术标准、规范的执行；承担水利统计工作；办理国际河流有关涉外事务。

（三）水政水资源科

制订全区水利法制建设规划；指导全区水利行政许可工作;承办水利行业行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。负责全区水资源管理、配置和保护；组织水资源调查、评价和监测工作；实施取水许可、水资源有偿使用和水资源论证制度；负责全区重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁跨县（区）水事纠纷，组织实施水政监察和水行政执法。指导和监督实施跨县（区）的水量分配、水功能区划和水资源调度工作；指导计划用水和节约用水工作；组织编制水资源保护、饮用水水源保护、城市供水水源规划；组织审定江河湖库纳污能力，提出限制排污总量意见；指导入河排污口设置与管理工作；指导城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；组织指导地下水资源开发利用和城市规划区地下水资源保护工作；承担大兴安岭地区节约用水办公室具体工作；指导全区水利行业安全生产工作。

（四）水利水保科

执行国家在农村水利工程建设、管理、使用等方面政策；制订全区农村饮水、旱田节水灌溉发展规划并组织实施；组织协调全区农田水利基本建设；指导农村饮水安全、节水灌溉、农田防洪除涝及其它小型农田水利设施的工程建设与管理；指导全区农村水利社会化服务体系建设。负责全区水土保持工作。拟订和组织实施全区水土保持规划; 负责全区水土保持执法监督检查；负责全区建设项目水土保持方案审批，指导全区水土保持项目实施，参与水土保持设施的验收。