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学院设院办公室和院团委各一个，七个教研室，分别为港工教研室、结构教研室、给排水教研室、工程管理教研室、建筑环境教研室、力学教研室、基础教研室；一个综合实验室，下设十三个功能室，即土工室、水力室、CAD机房、测量室、土木工程材料室、力学室、给排水室、地质室、建环室、工管室、水质与水资源室、港口航道与海岸工程专业实验室（海动室）、工程结构开放实验室，一个辽宁省海岸工程重点实验室；拥有大连水产规划设计研究院有限公司、大连水产学院环境与生物工程研究所两个服务机构。
