根据上述职责，市国土资源局设7个职能科室：

（一）办公室

综合协调局机关的政务工作，起草和审核局年度工作计划、工作总结和主要文件；组织开展调查研究工作；负责局机关会议组织、文印秘书、档案管理、政务信息、安全保密、车辆管理及对外接待等行政后勤服务工作；负责拟定局机关及事业单位目标管理和考核工作；负责人大代表建议和政协委员提案的处理工作；负责国土资源管理宣传教育、新闻报道工作；负责局机关及事业单位的组织人事、劳动工资、老干部管理及直属事业单位专业技术人员职称评聘和考核报批工作；负责全市国土资源管理队伍建设，编制国土资源科技、教育事业的发展规划与年度培训工作；负责信息化工作；编制国土资源管理科技发展规划并组织实施；指导全市国土资源系统基层国土资源所（分局）建设和管理工作。

（二）纪检监察室

监督检查局机关、事业单位党组织和工作人员贯彻执行党的路线、方针、政策、决议和国家法律、法规、决定、命令的执行情况；调查违反国家法律法规、违反党纪政纪的行为，提出处理意见；负责局机关、事业单位党风廉政建设工作，开展党风廉政教育；受理对局机关、事业单位党组织和工作人员违反党纪政纪的揭发、检举、控告；受理局机关、事业单位工作人员不服党政纪处分的申诉，保护合法权利；负责局机关效能建设。

（三）计划财务科

编制并落实年度财务计划，组织实施财务管理；负责土地专项基金征收和国土资源规费的征收与管理；负责局机关和事业单位的业务经费、固定资产、建设项目投资工作的监督检查；承担局综合统计工作；指导并监督国土资源系统的统计、财务工作。

（四）规划耕保科

组织实施耕地特殊保护、耕地开垦、农地保护、土地整理、未利用土地开发、土地复垦等有关规定；实施土地用途管制，承担建设用地补充耕地方案的审查，组织基本农田保护和耕地储备库建设，负责农用地转用和土地征用方案的审查报批工作；承办与农转用或征用同时上报的土地供应方案的审查报批工作；组织编制和实施全市国土规划、矿产资源总体规划、土地利用总体规划、土地利用年度计划和基本农田保护、土地开发、土地整理、土地复垦、矿产资源利用、地质环境保护等专项规划；指导、审核镇（街道）土地利用总体规划；实施建设项目用地预审；承担基本农田划区定界和农地转用规划审核；负责采矿权转让审核、招投标和拍卖工作；做好矿产资源保护与开发利用的监督管理；组织地质环境治理和地质灾害防治工作。

（五）地籍利用科

组织实施土地使用权划拨、出让、租赁、转让、作价出资、交易和政府收购储备等管理办法；组织基准地价、标定地价评测；组织审核土地评估等土地市场中介机构资质；承担土地等级评定的审核工作；实施镇、街道、村用地管理、农村集体非农土地使用权的流转管理和土地资产、土地市场监督管理；承担企业转制的土地资产处置及管理工作；承担具体建设项目供地方案的制定、审查、报批和组织实施工作；承担城乡地籍统一管理工作；制定和组织实施地籍管理办法；组织全市国土资源现状调查、地籍调查、变更调查统计及动态监察；协助人民法院依法查封土地使用权；承担全市地籍信息系统建设；承办并组织调处土地权属纠纷；负责地价评估等中介机构的行业管理。

（六）法规监察科

组织开展国土资源政策调研，草拟国土资源管理地方性规定、政策草案，提出有关政策建议；负责有关国土资源管理规范性文件的起草、审核、协调工作；负责国土资源的法律咨询和法律、法规的宣传工作；具体办理有关行政复议、听证、应诉事宜；监督检查国土资源法律法规和规章的实施及本部门的行政执法情况；组织对土地及矿产资源地质环境规划、农地转用、土地征用、土地和矿产资源资产处置、土地使用权和矿业权交易行为的监督检查；负责国土资源来信来访工作；依法查处国土资源违法案件。

（七）行政审批科

承担全部行政许可和非行政许可职能，直接办理土地开垦审核，国有划拨土地使用权转让、出租、抵押审批，临时用地（设施农用地）审批，农村村民住宅用地审批，矿山闭坑审批，土地使用权证设定登记、变更、抵押登记，大中型建设项目地下水取水审核等7项行政许可和非许可项目；初审镇村公共设施、公益事业建设用地审核，农村集体经济组织兴办企业用地审核，具体建设项目国有土地使用权审核，单独选址建设项目国有土地使用权审核，采矿权许可（含采矿区范围划定、采矿权设立、变更、延续审批），建设用地预审，土地使用权价格评估确认，改变土地用途审核等8项行政许可和非许可项目。负责2—5公顷具体建设项目用地和收回国有土地使用权的审批，负责2公顷以上临时用地审批以及5公顷以上报省备案工作。