1984年，在原合肥工业大学建筑分校城市建设系设置给水排水工程专业。

1996年，学校进行系部调整，成立环境工程与电子系。

1999年，设置建筑环境与设备工程专业。

2000年，设置环境工程专业。

2001年，成立环境工程系。

2002年，设置资源环境与城乡规划管理专业。

2006年8月，在环境工程系基础上成立环境工程学院。

2006年，市政工程专业获得硕士学位授予权。

2007年，给水排水工程专业通过建设部专业教育评估。

2008年，设置地理信息系统专业。

2008年，市政工程学科被批准为安徽省重点学科。

2009年3月4日，更名为环境与能源工程学院。

2009年，建筑环境与设备工程专业通过建设部专业教育评估。

2009年，水污染控制与废水资源化实验教学中心获国家级实验教学示范中心，并于2013年通过教育部验收评审。

2010年，设置热能与动力专业。

2011年，给水排水工程专业被批准为安徽省特色专业。

2011年，供热、供燃气、通风与空调工程学科获得硕士学位授予权。

2012年5月，给水排水工程专业通过建设部专业教育复评估。

2012年，给水排水工程专业更名为“给排水科学与工程”专业，并与2012年加入教育部第二批卓越工程师教育培养计划。

2012年，水污染控制与废水资源化实验室被批准为安徽省重点实验室。

2012年，环境工程学科被批准为安徽省重点学科。

2013年，环境工程专业获得校级特色专业建设立项。

2014年，环境工程专业获得硕士学位授予权。

2015年，设置环境生态工程专业。

2017年，获得环境科学与工程硕士学位授予权。