学院始建于1947年。
1987年，工业与民用建筑工程专业开始招生。
1988年，公路与城市道路专业开始招生。
1999年，工业与民用建筑工程专业与公路与城市道路专业整合为土木工程专业，设建筑工程和交通土建工程两个专业方向。
1995年，建筑学专业开始招生。
2000年，山东工业大学与山东大学，山东医科大学合并成新山东大学，成为新的山东大学土建与水利学院。
2001年，工程力学专业开始招生。
2008年，土木工程专业成为山东省品牌专业。
2010年，土木工程专业成为国家特色专业。
2011年，水利水电工程专业成为山东省品牌专业和山东省特色专业。
2015年，土木工程专业入选山东大学“学科高峰计划”首批特色学科。
